Peptidbindinger: definition, forekomst og biologisk betydning

En peptidbinding er en kovalent amidbinding, der forbinder aminosyrerester i peptider og proteiner. Disse bindinger danner et kontinuerligt molekylært skelet af peptiderkæder, der opretholder en specifik rækkefølge af aminosyrer, samtidig med at de gør det muligt for hele kæden at indtage forskellige tredimensionelle strukturer.

Peptidbindinger er et af de helt grundlæggende opbygningselementer peptider. At forstå deres kemi hjælper med at forklare, hvordan individuelle aminosyrer kan danne større molekyler med en præcist defineret sekvens og struktur.

Selvom den grundlæggende definition er forholdsvis simpel, har peptidbindingens kemi flere væsentlige egenskaber. Elektronerne i amidgegruppen er fordelt på en sådan måde, at carbon-nitrogen-bindingen delvist minder om en dobbeltbinding. Dette begrænser muligheden for fri rotation omkring peptidbindingen, men gør ikke hele peptidet eller proteinet til et stift molekyle. Andre bindinger i rygraden beholder større rotationsfrihed, hvilket gør det muligt for peptidkæder at bøje og folde sig.

Peptidbindinger kan analyseres ud fra flere forskellige videnskabelige perspektiver. Kemikere studerer deres elektronstruktur og geometri. Molekylærbiologer analyserer den måde, de dannes på af ribosomer og andre biologiske systemer. Strukturbiologer undersøger, hvordan disse bindingers geometri påvirker proteinstrukturen. Biokemikere studerer derimod, hvordan enzymer selektivt bryder peptidbindinger under proteinbehandling og -nedbrydning.

Disse sondringer hjælper med at forstå, hvordan proteiner samtidigt kan bevare en specifik aminosyresekvens, indtage komplekse strukturer, dannes i kontrollerede biologiske processer og derefter undergå bearbejdning eller nedbrydning. Studier af elektronstruktur, peptidgeometri, ribosomatalyse, proteinsyntese og enzymatisk hydrolyse giver supplerende oplysninger om disse processer. [1] [2] [3]

Hvad er en peptidbinding?

Kemisk definition af en peptidbinding

Peptidbinding er amidbinding mellem gruppen hidrørende fra carboxylgruppen på den ene aminosyre og gruppen hidrørende fra aminogruppen på den anden aminosyre. I et typisk proteinskelet forbindes carbonatommet i carbonylgruppen og nitrogenatommet i den næste aminosyrerest.

Det mest almindeligt fremstillede fragment har formen af:

–C(=O)–NH–

C=O-fragmentet er carbonylgruppe, hvorimod C–N-bindingen er den binding, vi normalt tænker på, når vi taler helt specifikt om en peptidbinding. Sammen danner disse atomer og deres umiddelbare omgivelser den såkaldte peptidgruppen eller amidgruppe.

Denne skelnen er vigtig, fordi peptidgruppens fulde strukturformel indeholder flere forskellige bindinger. Carbon-oxygen-bindingen er ikke den forbindelse, der samler to aminosyrerester. Denne funktion udføres af amid-carbon-nitrogen-bindingen.

Når én aminosyre bindes til en anden, bliver carbonatomets carbonylgruppe, som er bundet til den ene rest, kovalent forbundet med nitrogenatomet, der er bundet til den næste rest. Gentagelse af dette mønster fører til dannelsen af skelettet i en typisk peptidkæde.

Undersøgelser af den elektroniske struktur analyserer blandt andet nitrogenatomets frie elektronpars vekselvirkning med det tilstødende carbonylsystem, hvilket gør det muligt at forklare, hvorfor denne binding adskiller sig fra en almindelig, frit roterende enkeltbinding mellem carbon og nitrogen. [1]

Hvorfor er en peptidbinding en kovalent binding?

Peptidbinding er kovalent, fordi de bundne atomer deler elektroner.

Det er ikke en ionisk interaktion mellem to separate, ladede aminosyrer eller en hydrogenbinding, der holder forskellige dele af den foldede kæde tæt på hinanden.

Netop denne kovalente binding sikrer den kemiske kontinuitet i aminosyresekvensen. Resterne forbliver en del af den samme kæde, indtil en kemisk reaktion ændrer den måde, de er bundet på.

Denne sondring bliver særlig vigtig, når man diskuterer foldning og udfoldning af proteiner. En polypeptidkæde kan bøje sig, ændre konformation, miste nogle af de interaktioner, der stabiliserer dens struktur, og endda gennemgå en betydelig udfoldning uden nødvendigvis at bryde de peptidbindinger, der opretholder dens primære sekvens.

Kovalent betyder imidlertid ikke uforgængeligt.

Enzymer og passende kemiske betingelser kan forårsage spaltning af peptidbindinger. En sådan spaltning er dog en kemisk reaktion, der ændrer den måde, atomer er bundet sammen på, og ikke blot en ændring af molekylets form.

Strukturelle undersøgelser af en af asparaginproteinaserne viser, hvordan enzymet passende kan organisere et substrat, der indeholder en peptidbinding, og et vandmolecyle på en måde, der er væsentlig for hydrolysen. [4]

Delvis karakter af dobbeltbinding og resonans

C–N-peptidbindingen fremstilles ofte i formler som en enkelt linje, men den faktiske elektronskyfordeling er mere kompleks.

Det ledige elektronpar på nitrogenatomet kan deltage i carbonylgruppens naboliggende elektron-system. Elektronernes delokalisering gør, at C–N-bindingen opnår delvis dobbeltbindingsegenskab.

Dette fænomen forklares ofte ved hjælp af resonansstrukturer.

Resonansstrukturer er alternative måder at repræsentere elektronfordelingen i det samme molekyle på. De skal ikke tolkes som separate former for molekylet, der hurtigt omdannes til hinanden.

Ligeledes betyder den delvise karakter af dobbeltbindingen ikke, dat peptidbindingen i en bestemt procentdel af tiden er en almindelig enkeltbinding og resten af tiden en almindelig dobbeltbinding.

Den faktiske elektronstruktur skyldes delokalisering af elektroner inden for hele amidgruppen.

I en beregningsundersøgelse analyserede Fedorov resonansens bidrag til bestemmelsen af peptidbindingsordenen. De detaljerede numeriske værdier afhænger af den anvendte metode til analyse af den elektroniske struktur. For en overordnet forståelse er den vigtigste konklusion dog, at vekselvirkningen mellem nitrogenets elektronsystem og carbonylgruppen er ansvarlig for nogle af C-N-bindingens usædvanlige egenskaber. [1]

Hvorfor er rotationen omkring en peptidbinding begrænset?

Den delvise karakter af dobbeltbindingen har en vigtig strukturekensekvens: rotationen omkring amidets C–N-binding er mere begrænset end rotationen omkring en typisk enkeltbinding mellem kulstof og kvælstof.

Det betyder dog ikke, at proteiner ikke kan bøje eller folde sig.

Peptidskelettet indeholder også andre bindinger, omkring hvilke rotation er mulig. Proteinkæden består således af gentagne, relativt stive peptidgrupper forbundet via andre skeletbindinger, der er kendetegnet ved større konformationsmæssig fleksibilitet.

Kombinationen af disse begrænsninger og rotationsmuligheder bidrager til den enorme mangfoldighed af tredimensionelle strukturer, som peptider og proteiner kan indtage.

Omtrentlig planhed betyder ikke en perfekt flad struktur

Elektrondelokalisering favoriserer i tilnærmet flad geometri for peptidgruppen og begrænser rotationen omkring C–N-amidbindingen.

De faktiske molekylære strukturer kan dog afvige en smule fra det ideelle matematiske plan.

Improta og medarbejdere kombinerede kvantemekaniske beregninger med analyse af krystalstrukturer af peptider og proteiner. Resultaterne viste små, systematiske afvigelser afhængigt af skelettets lokale geometri. [2]

Derfor er det korrekt at sige, at peptongrupperne er tilnærmet flade, imidlertid ville det være en for stor forenkling at fastslå, at enhver peptidbinding i ethvert peptid eller protein er fuldstændig plan.

Dette er et godt eksempel på forskellen mellem en nyttig uddannelsesmodel og den mere detaljerede opførsel af faktiske molekylære strukturer.

Hvor findes peptidbindinger?

I skelettet af peptider og proteiner

Peptidbindinger forekommer mellem tilstødende aminosyrerester i typiske peptid- og proteinkæder.

Sammen med de omliggende atomer danner de en gentagne molekylær skelet. Aminosyrernes sidekæder stikker ud over dette skelet og giver de enkelte restgrupper yderligere kemiske egenskaber.

Et protein kan bestå af en enkelt polypeptidkæde eller af flere kæder, der er forbundet i et større molekylært kompleks. Hver af dem har deres egne skeletforbindelser.

Forskellige kæder kan binde sig sammen via ikke-kovalente interaktioner eller yderligere kovalente bindinger. Sådanne forbindelser bør ikke automatisk klassificeres som peptidbindinger.

Kemisk syntese af bovint pancreatisk trypsin-hæmmer, eller BPTI, viser godt forskellen mellem dannelsen af peptidrygraden og dannelsen af yderligere disulfidbindinger. Forskerne fik først det liniære materiale og udførte derefter oxidation og karakterisering af det. Undersøgelsen adskiller derfor kædeopbygningen fra den senere strukturelle organisation. [5]

Peptidbindinger bestemmer kontinuiteten af primærstrukturen

Rækkefølgen af aminosyrerester i et peptid eller protein defineres som dets primær struktur.

Peptidbindinger sikrer den grundlæggende kovalente kontinuitet, der opretholder denne sekvens.

For eksempel sekvensen:

Ala-Gly-Ser

indeholder de samme tre typer aminosyrer som:

Ser–Gly–Ala

Det er dog ikke de samme peptidsekvenser.

Placeringen af de enkelte resters position i forhold til de peptidbindingerne er en anden.

Derfor er blot listen over aminosyrer i prøven ikke tilstrækkelig til at identificere peptidet. Det er også nødvendigt at kende deres rækkefølge og forbindelsesmåde.

I lineære og cykliske peptider

Typisk har en åben peptidkæde to ender, benævnt N-slut i C-slut.

N-enden svarer til den ene ende af peptidskelettet, mens C-enden svarer til den anden. Peptidsekvenser skrives som standard fra N-enden i retning mod C-enden.

Hoved-til-hale-cyklisk peptid, som er lukket ved at forbinde enderne af kæden, indeholder en yderligere skeletbinding, der danner en ring.

Ikke alle cykliske peptider lukker sig dog på samme måde. Ringen kan også dannes med deltagelse af en sidekæde, og nogle molekyler indeholder mere end én type tværbinding.

Betegnelse cyklisk det beskriver derfor en egenskab ved molekylets arkitektur og ikke en enkelt universel måde hvorpå det er forbundet.

Kalata B1 er et konkret eksempel på et peptid, hvis cykliske skelet er blevet bekræftet blandt andet ved enzymatiske spaltningsstudier, sekvensanalyse og molekylær struktur. Molekylet indeholder også disulfidbindinger. Disse yderligere svovl-svovl-bindinger adskiller sig kemisk fra de amidbindinger, der forbinder resterne i peptideskelettet. [6]

Peptidbindinger versus isopeptidbindinger

I et typisk proteinskelet forbinder peptidbindinger de primære aminogrupper og grupper hidrørende fra carboxylgrupper.

Amidbinding, i hvis dannelse deltager aminosyrens sidekædes funktionelle gruppe, er ofte kendt som isopeptidbinding.

Den vigtigste regel er derfor at fastslå, hvilke atomer der faktisk er blevet forbundet med hinanden.

Selve tilstedeværelsen af en amidbinding betyder ikke automatisk, at den findes i et typisk peptidrygrad. Samtidig er ikke enhver tværbinding i et peptid eller protein en amidbinding — disulfidbroer og andre kovalente modifikationer har en anden kemi.

For begyndere er det mest nyttige udgangspunkt de almindelige peptidbindinger, der findes i rygraden. Mere specialiserede forbindelser kan derefter betragtes som forskellige varianter af den molekylære organisation.

Hvor mange peptidbindinger er der i kæden?

En enkelt åben, uforgrenet kæde indeholdende n aminosyrerester har n − 1 peptidbindinger i rygraden.

Det betyder, at:

• dipeptidet har 2 restgrupper og 1 peptidbinding;
• Et tripeptid har 3 restgrupper og 2 peptidbindinger;
• tetrapeptid har 4 restarter og 3 peptidbindinger;
• et pentapeptid har 5 restgrupper og 4 peptidbindinger;
• en åben kæde, der indeholder 10 restgrupper, har 9 peptidbindinger.

Denne sammenhæng skyldes direkte måden, hvorpå molekylet er bundet: Hver efterfølgende rest forlænger den eksisterende kæde med én ekstra skeletbinding.

Modsvarende ham cyklisk hoved-til-hale-kæde indeholder n peptidbindinger i rygraden, fordi den ekstra binding lukker ringen.

Disse forudsætninger er dog væsentlige. Forgreningspunkter, usædvanlige sidekædeforbindelser, tilstedeværelsen af flere kæder, isopeptidbindinger eller andre skeletelementer end amidbindinger kræver en mere detaljeret analyse.

Selve antallet af restarter er derfor ikke altid tilstrækkeligt til at bestemme alle kovalente bindinger til stede i et komplekst peptid eller protein.

Hvordan danner peptidbindinger aminosyrer?

Fra frie aminosyrer til aminosyrerester

Den frie aminosyre og den tilsvarende rest i peptidet er forbundet med hinanden, men de beskriver ikke nøjagtigt den samme kemiske tilstand.

Når en aminosyre indbygges i et peptid, deltager dens funktionelle grupper i de bindinger, der danner kæden.

For eksempel fører en kombination af glycin og alanin i en bestemt rækkefølge til dannelsen af glycylalanin. Omvendelsen af rækkefølgen fører til dannelsen af alanyloglicyny.

Typerne af aminosyrer er de samme, men deres placering og kemiske miljø er forskellige.

Dette viser, hvorfor peptidsekvensen indeholder mere information end blot en liste over dens bestanddele.

Dannelse af bindinger kan undersøges direkte. Stachelhaus og medarbejdere analyserede elementer i det ikke-ribosomale peptidesyntesesystem og påviste, at en ændring af restesituationen i det foreslåede katalytiske sæde umuliggjorde den undersøgte kondensationsreaktion. Eksperimentet forbinder således dannelsen af et bestemt peptidprodukt med funktionen af et specifikt molekylært apparat. [7]

Kondensationsligningen er en reaktionsbalancemodel

I grundlæggende kemi fremstilles dannelsen af et peptid ofte ved hjælp af ligningen:

aminosyre + aminosyre → dipeptid + vand

Ligningvisningen viser forskellen i sammensætning mellem de frie udgangsmolekyler og det samlede produkt.

Det er nyttigt til at forstå det kemiske forhold mellem reaktanter og produkt.

Den bør dog ikke fortolkes som en komplet mekanisme for proteinsyntese inde i en levende celle.

Frie aminosyrer sætter sig ikke bare ved siden af ​​hinanden i vand, frigiver ikke spontant vandmolekyler og danner ikke automatisk en specifik proteinsekvens.

Biologisk syntese kræver aktiverede substrater, ordnet molekylært maskineri, sekvensspecificerende information samt energikrævende forberedelsesprocesser.

Det er derfor vigtigt at skelne mellem samlet kemisk ligning a reaktionsmekanisme.

Ligningen beskriver den oprindelige og endelige sammensætning. Mekanismen forklarer de faktiske molekylære trin og mellemprodukterne, der fører til reaktionen.

Rybosomforsøg undersøger netop sådanne mekanistiske detaljer i stedet for blot at reproducere den kendte kondensationsligning. [3]

Hvordan danner ribosomet peptidbindinger?

Under translationen overfører RNA, det vil sige tRNA, transporterer aminosyrer og den voksende polypeptidkæde inden for ribosomet.

Aminogruppen i den nyligt leverede aminosyre reagerer med den aktiverede ende af den eksisterende kæde forbundet med tRNA, hvilket fører til overførsel af det voksende peptid til resten, der er forbundet med det nye tRNA.

Peptidkæden forlænges sædvanligvis fra enden C-slutning.

Aktivering af aminosyrer og deres binding til tRNA er energikrævende processer. Derfor ville en beskrivelse af en hvilken som helst ribosomal peptidbinding som opstået direkte mellem to frie aminosyrer eller som simpel „vandafspaltning” af ribosomet være en alt for stor forenkling.

Weinger og medarbejdere modificerede en kemisk gruppe i tRNA-substratet og observerede en betydelig reduktion i dannelsen af peptidbindinger uden et tilsvarende fald i substratbinding. Dette resultat gav evidens for substratassisteret katalyse, hvor substraternes egne kemiske egenskaber deltager i reaktionsforløbet. [3]

Eksperimentet peger derfor på tRNA-kemiens mekanistiske rolle, og ikke udelukkende på dens funktion som en passiv bærer.

Dannelse af peptidbindinger har en bestemt retning

Proteinsyntese er en retningsbestemt proces.

Da den voksende kæde forlænges fra C-enden, udvikler sekvensen sig i en bestemt retning.

Dette er relateret til den almindelige konvention for skrivning af peptid- og proteinsekvenser fra N-ende til C-ende.

Retningen er imidlertid ikke udelukkende et skrivekonvention. Omvendt af sekvensen fører normalt til dannelsen af et andet molekyle, da hver rest da indtager en anden position i forhold til de resterende elementer i kæden.

Andre måder at skabe lignende typer bindinger på

Peptidbindinger kan også dannes uden for ribosomet.

Specialiserede ribosomuløse enzymsystemer syntetiserer visse peptider, mens laboratoriesyntese af peptider anvender aktiverede komponenter og kontrollerede koblingsreaktioner.

Disse veje adskiller sig med hensyn til organisation, substrater, reaktionsbetingelser og katalytiske mekanismer.

De bør ikke betragtes som identiske processer, blot fordi de endelige produkter indeholder amidbindinger.

Undersøgelser af ikke-ribosomal bindingdannelse og kemisk syntese af BPTI udgør eksempler på sådanne forskellige produktionsmetoder. [7] [5]

Selve fremstillingsmåden afgør heller ikke, om et givet molekyle er et peptid eller et protein. Kemisk syntese kan føre til dannelse af et materiale, der svarer til et naturligt forekommende peptid eller protein, forudsat at dets sekvens og andre væsentlige strukturtræk er fastlagt korrekt.

Peptidbindinger versus andre bindinger i proteiner

Skeletonsbindinger versus kræfter ansvarlige for foldning

Peptidbindinger holder den koblede aminosyresekvens sammen.

Interne interaktioner er derimod med til at bestemme, hvordan denne sekvens folder sig i det tredimensionelle rum, eller hvordan individuelle polypeptidkæder interagerer med hinanden.

Brintbindinger dannes mellem passende hydrogen-donorer og -acceptorer. Inden for peptidskelettet kan oxygenatomerne i carbonylgrupper fungere som acceptorer, og mange N–H-amidgrupper kan fungere som donorer.

Amid-nitrogen betragtes normalt ikke som en hydrogenbindingacceptor, fordi dets frie elektronpar deltager i amidgruppens elektron-system.

Særlig opmærksomad kræver også peptidgrupper, der indeholder prolin, da nitrogenet i skelettet da ikke har det typiske N-H-hydrogen.

Gruppen, der indeholder en peptidbinding, kan derfor deltage i dannelsen af hydrogenbindinger, men peptidbinding og hydrogenbinding er forskellige typer bindinger.

Den ene danner kovalent binding mellem aminosyrerester. Den anden deltager i interaktioner inden for molekylet eller mellem molekyler.

Undersøgelser af det korte, foldede peptid CLN025 analyserede strukturen stabiliseret af blandt andet hydrogenbindinger og andre intramolekylære vekselvirkninger. Dette viser, at foldning kan finde sted uden dannelse af en ny backbone-sekvens. [8]

Disulfidbindinger forbinder svovlholdige sidekæder

Disulfidbindinger er kovalente svovl-svovl-forbindelser, der mest almindeligvis dannes mellem cysteinets sidekæder.

De kan forbinde fjerne dele af den samme peptidkæde eller forskellige kæder.

De er ikke peptidbindinger og findes ikke i alle proteiner.

Dannelsen eller bruddet af en disulfidbro kan ændre molekylets rummelige organisation væsentligt uden nødvendigvis at skære dets peptidrygrad over.

I et studie om syntesen af BPTI blev den naturlige sekvens samt analoger designet til at ændre dannelsen af disulfidbindinger forberedt. Materialet med den naturlige sekvens blev sammenlignet med naturlig BPTI ved hjælp af analytiske og funktionelle metoder. Publikationens abstrakt bekræftede ikke alle de strukturelle konsekvenser vedrørende analogerne, hvorfor de foreslåede forskelle ikke bør præsenteres som fuldt ud etablerede resultater. [5]

Ione- og hydrofobe interaktioner

Ladede grupper kan tiltrække eller frastøde hinanden, hvilket påvirker molekylets rummelige organisation.

Ikke-polære regioner interagerer derimod med det vandige miljø på en måde, der kan fremme deres skjulen inde i strukturen, association eller aggregering. Dette fænomen diskuteres ofte i sammenhæng med hydrofob effekt.

Disse interaktioner kan have enorm betydning for proteinfoldning, men den hydrofobe interaktion er ikke en ny kovalent binding mellem aminosyrer.

Derfor er det forkert at betegne alle proteinstabiliserende kræs som peptidbindinger.

De enkelte typer interaktioner kan også reagere forskelligt på temperatur, opløsningsmiddel, surhedsgrad, ionforhold og andre miljømæssige ændringer. At fastslå, hvilken type binding eller interaktion der ændrer sig, giver en mere præcis forståelse af eksperimentets resultat.

Denaturering er ikke det samme som hydrolyse

Denaturering ændrer proteinets typiske strukturelle organisation.

Kan forstyrre foldningen eller associationen af molekyler, mens de fleste eller alle peptidbindinger efterlades intakte.

Hydrolyse ændrer derimod de kemiske bindinger ved at spalte en sårbar binding i en reaktion med vand.

Under visse omstændigheder kan begge processer finde sted i den samme prøve, men de er ikke synonymer.

Foldning af et protein betyder derfor ikke automatisk, at det omdannes til kortere peptider eller frie aminosyrer.

Denne skelnen er også synlig i strukturelle undersøgelser. I eksperimenter med termisk udviklet kollagen blev der identificeret forskellige cis- og trans-konfigurationer af prolin-relaterede peptidbindinger. Ændringen af skelettets konfiguration er et andet fænomen end dets kemiske spaltning. [9]

Dannelse, egenskaber og hydrolyse af peptidbindinger

Stabiliteten afhænger af typen af den analyserede reaktion

Peptidbindinger er stabile nok til at opretholde biologiske kæder, og samtidig kan organismer selektivt danne og spalte dem.

Der er ingen modsigelse i det.

Reaktionshastigheden afhænger blandt andet af aktiveringsbarrierer og tilstedeværelse af katalysatorer, mens det, om en given reaktion er termodynamisk fordelagtig, er et helt andet spørgsmål.

En proces kan være kemisk mulig, men uden den rette katalyse forløbe ekstremt langsomt.

På den anden side kan et enzym fremskynde en bestemt reaktion betydeligt ved at tilvejebringe en gunstigere reaktionsvej.

Enzymet omdanner ikke peptidbindingen til en helt anden type binding. Det ændrer den vej, som den kemiske reaktion følger.

Det ville også være forkert at tildele en enkelt universel levetid til alle peptidbindinger, peptider eller proteiner i vand.

Sekvens, lokal struktur, bindings-tilgængelighed, tilstødende kemiske grupper, temperatur, pH, opløsningsmiddel sammensætning og tilstedeværelsen af katalysatorer kan påvirke den observerede adfærd.

Hvad ændrer hydrolyse?

Hydrolyse bruger vand i reaktionen til kemisk spaltning af amidbindingen, hvilket fører til dannelsen af nye ender hidrørende fra carboxyl- og aminogrupper.

Deres nøjagtige ionform afhænger af betingelserne i den omgivende opløsning.

Spaltning af én binding i rygraden fører ikke automatisk til dannelse af frie aminosyrer.

Hvis en intern peptidbinding i en længere åben kæde brydes, vil de direkte produkter normalt være to kortere peptidfragmenter.

Der er behov for yderligere spaltningsreaktioner for gradvist at forkorte disse fragmenter og til sidst frigøre de enkelte aminosyrer.

Strukturelle undersøgelser af penicillopepsin analyserede, hvordan aspartatproteinasen kan organisere vand og substratgrupper i hydrolyseprocessen. Den foreslåede reaktionsmodel blev baseret på krystallografiske observationer og modellering. Den giver information om en enkelt enzymatisk mekanisme, men den beviser ikke, at enhver protease benytter en identisk katalysemåde. [4]

Hydrolyse kan være selektiv

Proteaser og peptidaser adskiller sig fra hinanden med hensyn til de bindinger, de genkender, og de molekylære miljøer.

Nogle enzymer spalter bindinger inde i kæden, mens andre fjerner rester fra dens ender.

Sekvens, lokal struktur, tilgængelighed og omgivende kemiske grupper kan have indflydelse på, om et potentielt sårbart sted rent faktisk bliver spaltet.

Davidson og Hutton undersøgte et enzym, der er forbundet med de insulinudskillende granulater. Det oprensede præparat fjernede basiske rester fra substraterne fra proinsulin, og i den anvendte test forårsagede det ikke yderligere nedbrydning af modent insulin. [10]

Det viser det selektiv biologisk behandling, og ikke tilfældig spaltning af alle peptidbindinger.

Selektiv spaltning har stor biologisk betydning, fordi større prekursormolekyler kan bearbejdes på specifikke steder, hvilket fører til dannelsen af bestemte modne produkter i stedet for tilfældig nedbrydning.

Betingelser betyder noget: to eksperimentelle eksempler

Kenley og Warne undersøgte rekombinant humant interleukin 11 under bevidst fremkaldte stressbetingelser, herunder forhøjet temperatur og forskellige pH-værdier.

I et surt miljø har de identificeret en spaltning på et bestemt sted mellem Asp og Pro. Resultaterne viser en nedbrydning, der afhænger af sekvensen og betingelserne, men bør ikke fortolkes som en universel regel, der beskriver alle proteineres adfærd under typiske biologiske betingelser. [11]

I et andet studie observerede man fragmentering af radiojoderet vasoaktivt intestinalt peptid i en fortyndet opløsning ved neutralt pH. Beslægtede, kortere fragmenter viste ikke målbar nedbrydning under de samme eksperimentelle betingelser, og tilsætningsstoffer til opløsningen påvirkede resultatet. [12]

Begge undersøgelser viser, hvorfor stabiliteten af peptidbindinger bør diskuteres i forhold til specifikke molekyler, sekvenser, miljøer og eksperimentelle betingelser, i stedet for at antage, at en bestemt pH-værdi eller temperatur vil forårsage den samme adfærd for hvert peptid.

Hvorfor er peptidbindinger biologisk vigtige?

Peptidbindinger bevarer den rækkefølge af aminosyrerester, der definerer peptid- eller proteinkæden.

Deres geometri begrænser kædens mulige rumlige arrangementer, mens carbonyl- og nitrogenholdige grupper, der er til stede i peptidbackbone, deltager i molekylære interaktioner.

Kontrolleret dannelse af peptidbindinger muliggør syntese af peptider og proteiner.

Kontrolleret spaltning af disse bindinger deltager derimod i bearbejdningen af prækursorer, fordøjelse, proteinturnover, reguleringsveje og den endelige nedbrydning af molekyler.

Den samme grundlæggende type kemiske binding deltager derfor i flere niveauer af biologisk organisation.

Dets dannelse etablerer sekvensens kontinuitet.

Dens elektronstruktur påvirker skelettets geometri.

De kemiske grupper, der findes i det, deltar i molekylære interaktioner.

Dens selektive nedbrydning gør det muligt for biologiske systemer at behandle og fjerne proteiner og peptider.

Disse funktioner forbinder molekylær kemi med biologi. Beviserne stammer blandt andet fra beregninger af elektronstrukturen, strukturelle målinger, enzymatiske undersøgelser, kemisk syntese og eksperimenter med komplette biologiske systemer. Hver af disse metoder viser et andet element i mekanismen og bør ikke bruges til at drage konklusioner, der går ud over den faktiske undersøgte proces. [2] [3] [10]

Ofte stillede spørgsmål

1. Er peptidsbindingen kovalerent?

Ja. Peptidbinding er en amidbinding med kovalent binding mellem grupper af aminosyrer. Atomet kulstof og atomet nitrogen deler elektroner, hvilket sikrer den kemiske kontinuitet i peptidsættet. Studier af elektronstruktur analyserer, hvordan denne deling af elektroner påvirker den tilstødende carbonylgruppe og hvordan den bidrager til de karakteristiske egenskaber ved amidbindingen. Begrebet „kovalent” betyder dog ikke, at bindingen ikke kan opløses. Under passende kemiske betingelser eller ved deltagelse af enzymer kan den hydrolyseres. Det vigtigste er at skelne mellem, at peptidbinding kemisk binder resterne sammen til én molekyl, og at det ikke blot fremkalder en tiltrækning mellem separate molekyler eller fragmenter af den samme molekyle. [1]

2. Hvorfor har peptidbindingen en delvis dobbeltbinding?

Den delvise karakter af dobbeltbindingen skyldes virkningen af den frie elektronpar-vibratoriske forbindelse mellem azoforbindelsen og den tilstødende elektroniske binding i karbonylgruppen. På denne måde delokaliseres elektronmassen inden for amidgruppen. Beregningsundersøgelser har analyseret andelen af dette fænomen i peptidbindingens række. De resonansstrukturer, der anvendes til at forklare det, er alternative måder at repræsentere den samme elektroniske struktur på, og ikke separate molekyler, der skifter hinanden. Derudover kan de numeriske værdier, der beskriver bindingen, også afhænge af den anvendte analytiske metode. Den vigtigste strukturelle konsekvens er begrænsningen af bevægelsen omkring C–N-bindingen sammenlignet med den typiske, frit roterende enkeltebinding. [1]

3. Hvilke atomer danner peptidsammenføjning?

I et typisk peptidskellet forbinder peptidsammenkoblingen kulstofatometet i en karboksylgruppe med atomet i en anden rest. Kulstofatomet forbliver en del af karboksylgruppen og udgør ikke en direkte forbindelse mellem de to aminosyrerestene. Elektronspektroskopiske og strukturelle undersøgelser analyserer disse atomer som en del af den sammenhængende amidgruppe, samtidig med at de adskiller deres individuelle bindinger. Ved identifikation af typisk peptidsammenkobling i et strukturel mønster er det således nyttigt at finde en C–N-binding, der er direkte nabo til karboksylgruppen. [2]

4. Hvor i proteinet finder man peptidsbindingen?

Peptidbindinger findes i skelletet af enhver proteinkæde og forbinder tilstødende aminosyrerestpar. De adskiller sig fra tværbindinger mellem sidekæder og interaktioner mellem separate kæder. Kemisk syntese af BPTI viser denne forskel ved at adskille strukturen i skellet fra senere dannelse af disariske broer. Den fulde tredimensionelle struktur af et protein kan indeholde mange typer af konvulsive og ikke-konvulsive bindinger, hvorfor identifikation af peptidsammenhænge kræver overvågning af aminosyrestrukturen i stedet for at tælle alle linjer eller forbindelser, der er vist på en molekyldesignet. [5]

5. Er ethvert amidbinding er en peptidbinding?

Nej. Amidbinding forekommer i mange forskellige organiske forbindelser, mens begrebet „peptidbinding” refererer til bestemte bindinger, der stammer fra aminosyrer i peptider og proteiner. Den typiske amidbinding i skallen er en form for amidbinding. Bindninger ved hjælp af en aminosyrers sidekæde bør derfor ikke automatisk betragtes som almindelige skallebindinger. Undersøgelser af peptidsammensætning fokuserer på den definerede amidbinding i skallen og ikke på alle mulige amider som kemisk og strukturelt identiske. Den korrekte betegnelse afhænger af de deltagende grupper og deres placering i molekylet. [2]

6. Hvor mange peptidbindinger findes i tripeptidet?

En typisk åben, ikke-afhængig tripeptid indeholder to peptidbindinger, Fordi de tre rester kræver to bindinger for at danne en kontinuerlig åben kæde. Dette skyldes den generelle n-1-relationen for en typisk åben kæde med n rester. Dette er en beregning som følge af molekylets opbygning, og ikke en eksperimentel resultatudgave eller information om dens biologiske funktion. Responset vil være anderledes, hvis det ekstra skeletbindingstrin lukker molekylet inde i en ring. Bindningerne mellem sidekæder og andre konjugative bindinger skal imidlertid beregnes separat. Før anvendelsen af den generelle regel bør derfor analysen af molekylet specificeres.

7. Har cykliske peptider yderligere peptidsammenføjning?

En head-to-tail-cyklisk peptid har et skjelettbindingstal, der er et helt tal mere end det tilsvarende åbne kæde, fordi det ekstra amidbinding forbinder begge ender og lukker ringen. Andre cykliske peptider kan dog danne en ring med deltagelse af sidekæder, hvorfor denne regel ikke automatisk gælder for enhver molekyle, der defineres som cyklisk. Forskning med kalat B1 bekræftede et specifikt tilfælde af en cyklisk struktur, der desuden indeholder disarylcyster. Lukningen af ringen og oprettelsen af forbindelser mellem sidekæderne skal derfor beskrives separat ved beregning af bindinger og fremstilling af molekylærarkitektur. [6]

8. Er peptidsammenbinding altid perfekt flad?

Nej. Peptidgrupperne er i stort set flade, men der er mulige målbare afvigelser fra den ideelle geometri. En undersøgelse, der kombinerer kvantemekaniske beregninger med analyse af strukturelle data fra peptider og proteiner, viste små forvrængninger relateret til det lokale arrangement af strukturen. Disse observationer supplerer den forenklede vejledende model, men gør den ikke ubrugelig. Fladhed forbliver en vigtig strukturel præference, der skyldes gruppenamidets elektroniske struktur, men en nøjagtig strukturel analyse bør tage højde for de lokale forskelle, der er karakteristiske for det specifikke molekyle. [2]

9. Kan proteinet bøje sig, når bevægelsen omkring peptidsbindingen er begrænset?

Ja. Proteinsammenskabet indeholder andre bindinger, omkring hvilke ændringer i torsionsvinkler kan forekomme. Den begrænsede bevægelse omkring C–N-bindingen gør derfor ikke hele kæden ubevægelig. Strukturelle analyser adskiller drejelserne omkring de omkringliggende skjelettbindinger fra den drejning, der er forbundet med selve peptidsammenhængen. Styrkebegrænsninger, lokale kemiske påvirkninger og typen af de omkringliggende reststoffer påvirker desuden, hvilke arrangementer er energimæssigt og fysisk tilgængelige. Proteinene er altså hverken stive stænger eller kæder af helt frit drejelige elementer. Deres struktur skyldes en kombination af begrænsede og relativt elastiske grader af frihed i skjelettet. [2]

10. Hvad er cis- og trans-peptidbindinger?

Begreberne cis og trans beskriver forskellige rumlige arrangementer af grupper, der befinder sig på begge sider af peptidsammenbindingen. I typiske proteinstrukturer dominerer trans-arrangementet. Speciel opmærksomhed kræver peptidsammenbindinger forbundet med proline, da cis-arrangementet forekommer hyppigere i disse sammenlignet med mange andre restkombinationer. I termiske NMR-undersøgelser af udviklet kollagen blev begge arrangementer opdaget. Disse resultater vedrører dog et bestemt protein under bestemte eksperimentelle betingelser og bør ikke tolkes som universelle procentværdier for alle peptider og proteiner. Begreberne cis og trans beskriver peptidsammenbindingsgeometri, ikke forskellige typer kemiske bindinger. [9]

11. Når peptidsbindingen dannes, frigives der altid vand direkte?

Nej. Den gængse ligning for vandudskillelse beskriver en samlet sammenkobling mellem frie funktionelle grupper, men beskriver ikke hverken den faktiske mekanisme for peptidsammenkoblinger. Ribosomal syntese bruger aktiverede substrater forbundet med tRNA, og eksperimentelle undersøgelser tyder på, at substratets kemi er involveret i katalyseringen. Den direkte reaktionstrækning er derfor mere kompleks end blot at fjerne vand fra to frit opløste aminosyrer. Afgrænsningen mellem den samlede reaktionsbalance og den faktiske biologiske mekanisme forhindrer en forvandling af den brugbare lærerlige ligning til en forkert beskrivelse af proteinsyntese. [3]

12. Skaber blanding af aminosyrer med vand dannelsen af protein?

Nej. En blanding af frie aminosyrer danner ikke automatisk en bestemt proteinstruktur. Kontrolleret peptidsyntese kræver passende kemi og også en organiseret syntesiemaskine i cellerne, der er i stand til at styre ordningen af aminosyrerne og danne bindinger. Forsøg vedrørende nirodermalt syntese af peptider har vist, at en forstyrrelse i en bestemt katalytisk komponent kan forhindre dannelsen af det undersøgte peptidsubstansprodukt. Resultaterne vedrører et bestemt biosyntesestadium, men de viser en bredere princip: Selve tilstedeværelsen af molekylære byggestenstoffer er ikke nok. Dannelsen af en defineret sekvens kræver kontrolleret syntese af molekylære bindinger. [7]

13. Er peptidsbinding det samme som vandig binding?

Nej. Peptidbinding er en kovensial forbindelse i peptidets kerne, mens vodorobinding er en interaktion mellem den relevante donor og hydrogenacceptoren. Kemiske grupper, der findes i peptidskerne, kan deltage i dannelse af vodorobindinger uden at danne yderligere peptidbindinger. Forskning med den formede decapeptyd CLN025 analyserede vodorobindinger og andre interaktioner, der er involveret i at stabilisere dets struktur. Denne sondring adskiller bindinger, der definerer den grundlæggende kovensiale sekvens af kæden, fra interaktioner, der hjælper den allerede sammenbundne kæde med at organisere sig i tredimensionel rum. [8]

14. Er disiarczisk-broen en form for peptidsammenføjning?

Nej. En disarylgruppe er en kovalsyrisk forbindelse mellem carbonatomer, som normalt dannes mellem de sidekæder af cystein. En peptidbinding er imidlertid en amidbinding, der forbinder grupper fra aminosyrerne i peptidskelettet. Studier af syntesen af BPTI behandlede strukturen af skellet og dannelsen af disarylgrupper som separate processer. Begge typer bindinger kan have betydning for molekylets struktur, men de forbinder andre atomer og deltar i andre kemiske reaktioner. Det er derfor ikke nødvendigt, at en disarylgruppe brydes for at bryde peptidskelettet, men en afspærrer peptidbindingen direkte og ændrer dermed sekvensen i kæden. [5]

15. Forårsager proteinnedbrydning at peptidsammenbindingerne opløses?

Det normaliserer ikke den typiske form og struktur af proteinet. Denaturering betyder en forstyrrelse af det typiske form- og strukturforhold for et protein, og defineret set kræver det ikke opløsning af peptidsammenhænge. Afhængigt af de anvendte betingelser kan den kemiske nedbrydning foregå samtidig med denatureringen, men begge processer bør ikke automatisk sammenlignes. I studier af termisk udviklet kollagen blev der fortsat analyseret forskellige konfigurationer af dets peptidsammenhænge. Den termisk udviklede kæde og den hydrolyserede kæde er derfor forskellige molekylære tilstande: den første vedrører primært den tredimensionelle organisation, mens den anden omfatter ændringer i konformationen af kovalente bindinger. [9]

16. Skalhydrolysen fører straks til dannelse af frie aminosyrer?

Ikke altid. Hydrolysen af et internt peptidbindingstrå i en længere åben kæde fører normalt til dannelsen af to kortere peptidfragmenter. Yderligere opløsningsreaktioner er nødvendige for at gradvist reducere disse fragmenters længde og til sidst frigive de enkelte aminosyrer. I eksperimentelle undersøgelser er der identificeret specifikke fragmenter, der dannes ved opløsning af peptidbindinger, blandt andet under undersøgelser af nedbrydningen af interleukin-11 og det vasoaktive tarmpeptidet. Arten af produkter afhænger af de områder, der er blevet opløst, samt graden af hydrolyse. Dette betyder derfor ikke automatisk, at peptidet eller proteinet er fuldstændig omdannet til frie aminosyrer.[11][12]

17. Spaltes alle peptidbindinger med samme hastighed?

Nej. Den observerede hastighed af opløsning afhænger af peptids sekvensen, den lokale molekylære struktur, bindingens tilgængelighed, naboforbindelser, opløsningsmiddelets sammensætning, temperatur, pH og tilstedeværelsen af katalysatorer som proteolytiske enzymer. Undersøgelser af interleukin 11 og intestinalt vasoaktivt peptid viste en selektiv, betingelsesafhængig nedbrydning, men ikke ensartet nedbrydning af alle bindinger. Disse forsøg fastslår ikke en universel holdbarhedstid for andre peptider. Det videnskabeligt begrundede resultat er, at peptids bindningsstabilitet bør vurderes i forhold til den specifikke molekyle, miljøet og reaktionen, og ikke blot på grundlag af bindningsnavnet. [11] [12]

18. Hvordan adskiller peptidsbinding sig fra isopeptidsbinding?

Typisk peptidsammenbinding i skeletet forbinder normalt den vigtigste gruppe fra karboksylgruppen i den ene rest med den vigtigste amingruppe i den anden rest. Isopeptidsammenbinding er også en amidbinding, men i denne forbindelse er mindst én funktionel gruppe tilstede uden for det typiske skeletsystem, f.eks. en passende gruppe i den sidekæde af en aminosyre. Begge typer af sammenbindinger bygger derfor på beslægtet amid-kemien, men de indtager andre positioner i molekylets struktur. Det er vigtigt at skelne, da blot at opdage en amidbinding ikke er nok til at konkludere, at den hører til et almindeligt peptidskelet.

19. Hvorfor er peptidbindinger vigtige for proteinets struktur?

Peptidbindinger opretholder en ordnet kovalent sekvens af aminosyrerestene og pålægger samtidig geometriske begrænsninger på molekylets skjelett. Deres delvise dobbeltbinding karakteristika begrænser rotationen omkring amidbindingen C–N og fremmer en omtrent flad geometrisk struktur for peptidsammensætningen. Samtidig kan carbonylgrupperne og N–H-grupperne i skjelettet deltage i hydrogenbindinger, der er vigtige for strukturer på højere niveauer. Peptidbindinger forbinder dermed ikke blot aminosyrer — deres elektroniske og geometriske egenskaber hjælper med at bestemme de strukturelle muligheder for hele kæden. [1] [2]

20. Kan enzymer nedbryde peptidsammenbindinger?

Ja. Proteaser og peptidaser kan katalysere hydrolysen af peptidsammenhænge, men de behøver ikke at kunne bryde alle bindinger uden at sondre mellem dem. Forskellige enzymer genkender bestemte sekvenser, strukturelle miljøer eller positioner i peptidsammenhænge. Strukturelle undersøgelser af penicillopepsin analyserede måden, hvorpå asparaginsyreproteasen organiserer substratet og vandet under hydrolysen, mens Davidson og Hutton viste, at de selektivt bearbejder substrater relateret til proinsulin. Disse eksempler viser, hvordan biologiske systemer på kontrolleret vis kan bryde ned bestemte peptidsammenhænge under behandling og nedbrydning af molekyler. [4] [10]

Begrænsninger i fortolkningen af undersøgelser af peptidsammenhænge

Når man går fra grundlæggende kemi vedrørende peptidsammenhænge til konklusioner om virkelige peptider og proteiner, er der nogle begrænsninger at huske på.

For det første er den idealiserede peptidsammensætning, der er beskrevet i manualerne, en model af et typisk strukturel system. Reelle molekylære strukturer kan vise målbare afvigelser fra den ideelle planhed og geometrien. [2]

For det andet, stabiliteten af peptidsammenføjningen Det afhænger af konteksten. Resultaterne fra forsøg udført ved forhøjet temperatur, med usædvanligt lavt pH, meget lille koncentration eller i nærvær af bestemte katalysatorer må ikke automatisk anvendes til at forudsige molekylets adfærd under helt andre betingelser. [11] [12]

For det tredje bruger forskellige enzymer forskellige kataklitiske mekanismer. Beviser, der beskriver hydrolysen udført af en aspartylprotease, betyder ikke, at alle proteaser nedbryder peptidsbindingerne på nøjagtig samme måde. [4]

For det fjerde kan peptidsbindinger opstå gennem forskellige mekanismer. Translasjon i ribosomerne, biosyntese uden for ribosomerne og kemisk syntese i laboratoriet kan føre til dannelsen af amidbindinger, selvom de bruger forskellige substrater og molekylære maskiner. [3] [7]

Femte, ændringer i proteinets struktur bør ikke automatisk tolkes som en afskilning af peptidsammenhænge. Denaturering, konformationsændringer, cis-trans-overgange, forstyrrelser i vandbindinger, reduktion af disariske broer og hydrolyse af peptidsammenhænge beskriver forskellige molekylære begivenheder.

Diskremineringen er vigtig, fordi begrebet Peptidbinding beskriver en specifik type kovalerent binding. For at forstå, hvad der rent faktisk sker med et peptid eller et protein, er det nødvendigt at fastslå, hvilke kemiske bindinger eller molekylære interaktioner der er ændret.

Sammenfatning

Peptidbindinger er kovalerne bindinger med amidbindinger, der forbinder aminosyrerestene i peptids- og proteinkæderne. Selvom de ofte blot beskrives som C-N-bindinger i en gentagende fragment af strukturen –C(=O)–NH–, Deres kemi er mere kompleks end kemien i et almindeligt frit roterende enkeltbinding.

Elektronernes lokalisering inden for amidgruppen giver forbindelsen C–N en delvis dobbeltbinding, hvilket begrænser dens rotation og fremmer en omtrent flad geometrisk struktur for peptidsammensætningen. Samtidig giver muligheden for at rotere omkring naboforbindelserne i skeletstrukturerne peptidsammenstøbninger en meget varieret tredimensionel struktur.[1][2]

Peptidbindinger findes i skellet af typiske peptider og proteiner, men de bør adskilles fra hydrogenbindinger, disarylcitratbindinger, ioniske interaktioner, hydrofobisk effekt og specialiserede sidekædebindinger, såsom isopeptidbindinger.

De kan opstå som følge af forskellige processer. Ribosomer skaber peptidsbindinger under translacering ved hjælp af aktiverede substrater forbundet med tRNA, mens nonribosomaliske systemer bruger specialiseret enzymatisk maskineri. Lab-syntese er baseret på kontrollerede kemiske bindinger. [3] [7]

Det er lige så vigtigt at opsplitte dem. Hydrolyse kan opdele en peptidkæde i kortere fragmenter, og proteaser og peptydaser gør det muligt for organismer at udføre denne proces selektivt. Undersøgelser af proteaser, behandling af proinsulinsyre, nedbrydning af interleukin 11 og det vasoaktive tarmpeptidet viser, at opsplitningen afhænger af molekylær kontekst og eksperimentelle betingelser.[4][10][11][12]

Den vigtigste regel er derfor enkel:

Peptidbindinger sikrer en kovensistent kontinuitet i aminosyrekedlerne, mens deres elektroniske struktur, kontrolleret dannelse og selektive opløsning forbinder grundlæggende kemi med biologi af peptider og proteiner.

Ansvarsfraskrivelse

Artikelnetværket har udelukkende en uddannelsesmæssig og videnskabelig-informativ karakter. Det forklarer kemien i peptidsammenhænge, deres molekylære struktur, dannelse, hydrolyse samt eksempler fra offentliggjorte undersøgelser. Det udgør ikke medicinsk rådgivning, vejledning om behandling, laboratorieinstruktioner, produktanbefalinger eller rådgivning om anvendelse af nogen peptid eller protein. Resultaterne af beregningsmæssige, strukturelle, biokemiske og dyreforsøg samt andre forsøg bør fortolkes inden for rammerne af de enkelte undersøgelser.

Referencer

1. Fedorov, D. G. (2024). Peptidbindingen: Resonans øger bindingens orden og komplicerer fragmentering. ChemPhysChem, 25(14), Artikel e202400170. https://doi.org/10.1002/cphc.202400170
2. Improta, R., Vitagliano, L., & Esposito, L. (2011). Peptidebindingens forvrængninger på grund af planaritetsforhold: Nye indsigter fra kvantemekaniske beregninger og peptid-/protein-krystalstrukturer. PLOS ONE, 6(9), Artikel e24533. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024533
3. Weinger, J. S., Parnell, K. M., Dorner, S., Green, R., & Strobel, S. A. (2004). Substrat-assisteret katalyse af peptidbindingen ved hjælp af ribosomet. Nature Structural & Molecular Biology, 11(11), 1101–1106. https://doi.org/10.1038/nsmb841
4. James, M. N., & Sielecki, A. R. (1985). Stereokemisk analyse af peptidbindingsoverhærdelse katalyseret af aspartatproteasen penicillopepsin. Biokemi, 24(14), 3701–3713. https://doi.org/10.1021/bi00335a045
5. Ferrer, M., Woodward, C., & Barany, G. (1992). Fusionssyntese i fast fase af bovin pankreatisk trypsininhibitor (BPTI) og to analoger. En kemisk tilgang til at evaluere disulfidbroernes rolle i proteinfoldning og stabilitet. International Journal of Peptide and Protein Research, 40(3–4), 194–207. PubMed-optegnelse
6. Saether, O., Craik, D. J., Campbell, I. D., Sletten, K., Juul, J., & Norman, D. G. (1995). Afklaring af den primære og tredimensionelle struktur af det uterotiske polypeptid kalata B1. Biokemi, 34(13), 4147–4158. https://doi.org/10.1021/bi00013a002
7. Stachelhaus, T., Mootz, H. D., Bergendahl, V., & Marahiel, M. A. (1998). Peptidbindingsdannelsen i nonribosomal peptidbiosyntese. Den kondenserende domæns katalytiske rolle. Journal of Biological Chemistry, 273(35), 22773–22781. https://doi.org/10.1074/jbc.273.35.22773
8. Hatfield, M. P. D., Murphy, R. F., & Lovas, S. (2010). VCD-spektroskopiske egenskaber ved beta-hårnede miniprotein CLN025 i forskellige opløsningsmidler. Biopolymerer, 93(5), 442–450. https://doi.org/10.1002/bip.21356
9. Sarkar, S. K., Young, P. E., Sullivan, C. E., & Torchia, D. A. (1984). Påvisning af cis- og trans-X-Pro-peptidbindinger i proteiner ved 13C-NMR: anvendelse på kollagen. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 81(15), 4800–4803. https://doi.org/10.1073/pnas.81.15.4800
10. Davidson, H. W., & Hutton, J. C. (1987). Karboksypeptidase H, der sekreterer insulin: Fremstilling og demonstrering af dets indflydelse på proinsulin-syntesen. Biokemisk Tidsskrift, 245(2), 575–582. https://doi.org/10.1042/bj2450575
11. Kenley, R. A., & Warne, N. W. (1994). Syre-katalyseret peptidbindingsoverhydrolyse af rekombinant humant interleukin 11. Pharmaceutical Research, 11(1), 72–76. https://doi.org/10.1023/a:1018945727640
12. Mody, R., Tramontano, A., & Paul, S. (1994). Spontanisk hydrolyse af vasoaktivt tarmpeptid i neutral vandig opløsning. International Journal of Peptide and Protein Research, 44(5), 441–447. https://doi.org/10.1111/j.1399-3011.1994.tb00180.x