Peptidi, proteine e amminoacidi: le differenze principali

Gli amminoacidi sono le unità molecolari fondamentali da cui derivano peptidi e proteine. I peptidi sono catene di residui amminoacidici uniti principalmente da legami peptidici, mentre le proteine sono costituite da una o più catene polipeptidiche, la cui sequenza, struttura, interazioni reciproche, elaborazione biologica e contesto funzionale influenzano la loro identità. Tutti questi gruppi sono chimicamente correlati, ma i termini non possono essere usati in modo intercambiabile.

La differenza tra un amminoacido libero e un peptide è relativamente facile da determinare: il legame degli amminoacidi tramite legami peptidici porta alla formazione di una nuova molecola con una determinata sequenza e un determinato modo di legame degli atomi. Il confine tra tra peptide e proteine è molto meno univoca.

La lunghezza della catena è un utile criterio orientativo. Nei materiali didattici o in alcuni sistemi di classificazione si può incontrare, ad esempio, un limite convenzionale di circa 50 residui amminoacidici. Tuttavia, la letteratura scientifica non applica un unico limite universale. Una catena composta da dieci residui è stata descritta come miniproteina, una molecola strutturalmente ordinata composta da 29 residui è stata definita polipeptide, e alcune proteine possono trovarsi in uno stato in gran parte disordinato anziché assumere una struttura stabile e compatta. [1] [2] [3]

Questi esempi mostrano un principio importante: la lunghezza della sequenza fornisce informazioni importanti, ma da sola non basta per classificare in modo inequivocabile ogni catena amminoacidica.

Per distinguere meglio peptidi, polipeptidi e proteine, vale la pena considerare diverse caratteristiche contemporaneamente:

• il numero di residui amminoacidici;
• la loro sequenza;
• se la molecola è lineare, ciclica, ramificata o multicateina;
• modalità di legame covalente;
• struttura confermata sperimentalmente;
• modificazioni post-traduzionali o chimiche;
• metodo di elaborazione biologica della molecola;
• la terminologia adottata per una specifica molecola nella letteratura scientifica.

In questo articolo spieghiamo come amminoacidi, peptidi, polipeptidi e proteine siano correlati tra loro, come la lunghezza della catena influenzi la terminologia utilizzata, in che modo i legami peptidici formino le catene e perché la conoscenza sequenza, architettura molecolare e proprietà confermate sperimentalmente è più informativa del nome stesso della categoria.

Qual è la differenza tra aminoacidi, peptidi e proteine?

Gli amminoacidi sono singole unità costitutive

Tipico amminoacido alfa contiene un atomo di carbonio centrale legato a un gruppo amminico, a un gruppo carbossilico, a un atomo di idrogeno e a una catena laterale variabile.

È proprio la catena laterale a distinguere un amminoacido dall'altro.

Nelle condizioni presenti in molti ambienti biologici, i gruppiamminici e carbossilici si trovano spesso in forme cariche. La popolare formula strutturale neutra utilizzata nella chimica di base è quindi un modo utile per rappresentare un amminoacido, ma non rappresenta necessariamente il suo stato ionico dominante in tutte le condizioni biologiche.

Le catene laterali dei singoli amminoacidi differiscono, tra le altre cose, per:

• dimensione;
• con carica elettrica;
• polarità;
• idrofobicità;
• la capacità di formare legami ad idrogeno;
• proprietà spaziali;
• reattività chimica.

Ad esempio, la glicina ha come catena laterale un singolo atomo di idrogeno, motivo per cui è strutturalmente più piccola rispetto agli altri amminoacidi standard. La cisteina, invece, contiene una catena laterale con un atomo di zolfo, che può partecipare alla formazione di ponti disolfuro.

Altri amminoacidi possono contenere catene laterali aromatiche, acide, basiche, polari o prevalentemente apolari.

Queste differenze aiutano a capire perché la sostituzione di un amminoacido con un altro possa alterare le proprietà di un peptide o di una proteina. Lo scheletro della molecola può rimanere collegato dallo stesso tipo di legami peptidici, ma cambiano le proprietà chimiche derivanti dalla presenza di catene laterali specifiche.

Un amminoacido può anche presentarsi e partecipare al metabolismo indipendentemente dal peptide o dalla proteina.

Gli amminoacidi liberi sono molecole distinte.

Dopo l'incorporazione in una catena peptidica o proteica, le singole unità sono più precisamente definite come residui amminoacidici.

Nel linguaggio quotidiano, l'affermazione secondo cui una proteina è una „catena di amminoacidi” è comprensibile. Dal punto di vista della chimica strutturale, tuttavia, la definizione di „catena di residui amminoacidici” è più precisa, poiché l'incorporazione di un amminoacido nella catena ne modifica il contesto chimico.

I peptidi contengono aminoacidi legati da legami peptidici

In un tipico scheletro peptidico, l'atomo di carbonio del gruppo carbonilico proveniente dal gruppo carbossilico di un residuo è legato all'atomo di azoto legato al residuo successivo.

Questo legame covalente amidico è chiamato legame peptidico.

La combinazione di due residui porta alla formazione di dipeptide.

Tre resti formano tripeptide.

Quattro formano tetrapeptide, e l'ulteriore allungamento della catena porta alla formazione di peptidi e polipeptidi sempre più lunghi basati sullo stesso tipo generale di scheletro chimico.

La molecola in via di formazione è qualcosa di più della semplice somma dei suoi componenti.

Una miscela contenente molecole separate di glicina e alanina differisce chimicamente da un dipeptide glicilalanina.

La molecola combinata ha:

• una sequenza specifica;
• legami covalenti definiti;
• specifici gruppi terminali;
• proprio peso molecolare;
• possibili conformazioni;
• proprietà chimiche diverse da quelle dei singoli aminoacidi.

L'inversione dell'ordine porta alla creazione alanilglicina.

La glicilalanina e l'alanilglicina contengono gli stessi tipi di aminoacidi, ma hanno una sequenza diversa.

Questo semplice esempio mostra uno dei principi fondamentali della chimica dei peptidi:

La composizione amminoacidica non è la stessa cosa che la sequenza amminoacidica.

I legami peptidici presentano anche caratteristiche proprietà strutturali. La loro disposizione elettronica limita la rotazione attorno al legame carbonio-azoto nello scheletro, mentre i legami adiacenti sono responsabili di gran parte della flessibilità conformazionale della catena.

Gli studi sperimentali e computazionali dimostrano che il gruppo peptidico è approssimativamente piatto, sebbene siano possibili lievi deviazioni dalla planarità ideale. [4]

Le proteine contengono una o più catene polipeptidiche

La proteina è generalmente intesa come una macromolecola biologica composta da di una o più catene polipeptidiche.

Questi catena possono formare:

• strutture globulari nere;
• strutture allungate;
• strutture associate alle membrane;
• regioni elastiche;
• regioni internamente disordinate;
• complessi costituiti da più catene;
• combinazioni di diversi elementi strutturali.

Alcune proteine contengono anche carboidrati legati, lipidi, ioni metallici, gruppi prostetici, modifiche covalenti o altri componenti associati.

Definire una data molecola proteina trasmette quindi solitamente più informazioni della semplice affermazione della presenza di legami peptidici.

Questo termine colloca la molecola in un contesto più ampio contesto strutturale e biologico.

Ciò non significa tuttavia che ogni molecola definita come proteina debba avere:

• una determinata lunghezza minima;
• una struttura permanentemente rigida;
• solo una catena polipeptidica;
• attività enzimatica;
• un determinato tipo di funzione biologica.

Un buon esempio è la proteina KISS1.

I ricercatori hanno utilizzato, tra le altre cose, la risonanza magnetica nucleare e la diffusione di raggi X a basso angolo per caratterizzare KISS1 come una proteina intrinsecamente disordinata e leggermente più estesa rispetto a un tipico gomitolo statistico di polimero. La sua classificazione come proteina non dipende quindi dalla presenza di una struttura unica, compatta e stabile. [3]

Amminoacidi, peptidi e proteine – un confronto

La tabella mostra le differenze convenzionali e non stabilisce un unico confine formale valido per tutte le molecole.

Esempi di brevi molecole ordinate e proteine intrinsecamente disordinate mostrano dove le definizioni semplificate richiedono ulteriori chiarimenti. [1] [2] [3]

Quale polimero si forma dagli amminoacidi?

Quando molti residui di amminoacidi vengono uniti da uno scheletro ripetitivo contenente legami peptidici, si forma polipeptide.

Una proteina può contenere una singola catena polipeptidica o più catene unite in una struttura più grande.

Questi concetti sottolineano quindi caratteristiche leggermente diverse:

polipeptide si riferisce principalmente alla struttura chimica della catena;

proteina solitamente descrive una molecola biologica completa o un complesso molecolare.

Questa distinzione è utile durante la lettura di pubblicazioni scientifiche.

In un lavoro gli autori possono descrivere la sintesi di un polipeptide prima di determinarne la struttura spaziale o l'attività biologica. In un altro possono analizzare una proteina composta da diverse catene polipeptidiche.

In nessuno di questi casi ciò implica una modifica della chimica fondamentale degli amminoacidi.

In uno studio che confrontava l'espressione batterica con la sintesi peptidica in fase solida, sono stati analizzati 20-40 residui „polipeptidi e miniproteine”. La terminologia utilizzata mostra che questi termini possono sovrapporsi parzialmente a seconda della lunghezza, delle proprietà strutturali e del contesto scientifico. [5]

Lunghezza della catena e classificazione

Cosa significano dipeptide, tripeptide, oligopeptide e polipeptide?

Dipeptide contiene due residui amminoacidici.

Tripeptide contiene tre.

Analogamente, il tetrapeptide e il pentapeptide contengono rispettivamente quattro e cinque residui.

Questi nomi consentono di determinare con precisione il numero di residui, se si riferiscono all'intera catena analizzata.

Oligopeptide di solito indica una catena relativamente corta.

Polipeptide sottolinea la presenza di molti residui amminoacidici in una singola catena e viene spesso, anche se non sempre, usato in riferimento a sequenze più lunghe.

I confini numerici tra termini come oligopeptide, peptide e polipeptide variano a seconda della disciplina e della pubblicazione.

Pertanto, la sequenza reale o il numero di residui fornito dagli autori è più affidabile rispetto all'ipotizzare che tutti i ricercatori applichino la stessa convenzione.

In una tipica catena lineare non ramificata contenente n reszt è presente:

n − 1 legami peptidici nello scheletro.

Il tripeptide contiene quindi tre residui, ma due legami peptidici.

Una catena aperta composta da dieci residui presenta nove legami di questo tipo.

Questa relazione riguarda una singola catena aperta.

Un peptide ciclico chiuso tramite la connessione tra l'N- e il C-terminale ha un legame aggiuntivo che chiude lo scheletro, pertanto, con n residui, contiene n legami peptidici nello scheletro.

I legami presenti tra le catene laterali devono essere analizzati separatamente.

Costituiscono 50 aminoacidi il limite tra un peptide e una proteina?

Lunghezza circa 50 residui amminoacidici viene utilizzata come pratica convenzione educativa che permette di distinguere i peptidi dalle proteine.

Non si tratta però di una legge chimica universale.

Il passaggio da 50 a 51 residui non comporta alcuna trasformazione chimica improvvisa che trasformi automaticamente il peptide in una proteina.

I singoli campi della scienza applicano questi concetti in modo leggermente diverso, e alcune molecole mantengono nomi storicamente accettati che non corrispondono a un semplice limite numerico.

Un buon esempio è CLN025.

CLN025 contiene solo dieci residui, eppure i ricercatori lo hanno definito miniproteina e ne hanno analizzato la struttura a “beta-hairpin” mediante spettroscopia e dinamica molecolare. La sua lunghezza ridotta non gli ha impedito di assumere una conformazione ordinata nelle condizioni di studio. [1]

Ciò non significa che ogni peptide composto da dieci residui debba essere definito proteina.

Dimostra invece perché affermazioni troppo categoriche, come:

„Ogni proteina contiene più di 50 amminoacidi”

o

„Ogni catena più corta di 50 aminoacidi è un peptide disordinato”

sono una semplificazione eccessiva.

Un approccio più accurato consiste nel trattare il numero di residui come una delle diverse caratteristiche che descrivono la molecola.

Un breve peptide può anche essere definito polipeptide

Un altro buon esempio è la calata B1.

Nel primo studio strutturale, questa molecola vegetale di 29 residui è stata descritta come polipeptide, è stato confermato il suo scheletro ciclico ed è stata studiata la sua struttura tridimensionale. [2]

Essa riunisce quindi:

• una sequenza relativamente breve;
• architettura scheletrica ciclica;
• ulteriori restrizioni covalenti;
• struttura spaziale ordinata.

Il termine "polipeptide" non deve quindi necessariamente indicare una molecola di dimensioni molto grandi.

A seconda del contesto, può semplicemente sottolineare che la molecola analizzata è una catena di residui amminoacidici.

Pertanto, durante l'interpretazione della letteratura scientifica, vale la pena verificare la sequenza effettiva, il numero di residui, l'architettura molecolare e i risultati sperimentali, invece di attribuire un significato aggiuntivo esclusivamente al nome utilizzato.

Il numero di residui e la massa molecolare sono due grandezze diverse

Il numero di resti determina, quante unità aminoacidiche sono presenti in una molecola.

Masa cząsteczkowa opisuje natomiast masę całej cząsteczki na poziomie molekularnym.

Wartości te są ze sobą powiązane, ale nie są równoważne.

Poszczególne reszty aminokwasowe mają różne masy. Dwa łańcuchy zawierające tę samą liczbę reszt mogą więc mieć różną masę cząsteczkową, jeśli różnią się sekwencją.

Modyfikacje chemiczne również mogą wpływać na masę.

Przyłączenie węglowodanu, lipidu, grupy fosforanowej, modyfikacji końcowej lub innego składnika może zwiększyć masę cząsteczki bez zwiększenia liczby aminokwasów w jej szkielecie.

Białko może ponadto składać się z kilku łańcuchów.

Łączna liczba reszt w całym białku może więc różnić się od długości każdego pojedynczego łańcucha.

Precyzyjny opis naukowy powinien określać, czy podawana wartość dotyczy:

• długości jednego łańcucha;
• całkowitej liczby reszt w kompleksie;
• masy cząsteczkowej pojedynczego łańcucha;
• masy całego kompleksu molekularnego.

Żaden z tych parametrów sam w sobie nie określa aktywności biologicznej ani jakości dowodów dotyczących deklarowanego działania cząsteczki.

Należy liczyć rzeczywistą formę molekularną, której dotyczy analiza

Prekursora i jego produktów przetwarzania nie należy automatycznie traktować jako tej samej sekwencji molekularnej.

Przykładowo proinsulina jest przetwarzana poprzez formy pośrednie do insuliny i peptydu C.

Przegląd analityczny dotyczący produktów konwersji proinsuliny pokazuje, dlaczego rozróżnianie tych form ma znaczenie podczas interpretowania wyników pomiarów. [6]

Badania enzymu obecnego w ziarnistościach wydzielających insulinę wykazały ponadto selektywne usuwanie zasadowych reszt z substratów pochodzących z proinsuliny bez dalszej degradacji dojrzałej insuliny w zastosowanym teście. [7]

Był to eksperyment dotyczący przetwarzania biochemicznego, a nie dowód na to, że wszystkie peptydy podlegają takiemu samemu schematowi rozszczepiania.

Jeśli publikacja podaje długość, masę, stężenie lub aktywność peptydu, warto więc ustalić, czy badana wartość dotyczy:

• prekursora;
• formy pośredniej;
• dojrzałego peptydu;
• fragmentu powstałego w wyniku rozszczepienia;
• jednego łańcucha cząsteczki wielołańcuchowej;
• kompletnego kompleksu molekularnego.

Bez takiego rozróżnienia dwa poprawne naukowo opisy mogą pozornie sobie przeczyć, choć w rzeczywistości odnoszą się do różnych form tej samej lub powiązanej cząsteczki.

Struktura, fałdowanie i funkcja biologiczna

Struktura pierwszorzędowa: wszystko zaczyna się od sekwencji

Struktura pierwszorzędowa oznacza sekwencję aminokwasową, a w bardziej kompletnym opisie chemicznym również istotne połączenia kowalencyjne.

Rodzaj i kolejność reszt określają, jakie łańcuchy boczne są dostępne i w których miejscach szkieletu się znajdują.

Sekwencji nie można więc utożsamiać ze składem.

Dwa łańcuchy mogą zawierać dokładnie te same rodzaje i liczby aminokwasów, a jednocześnie mieć je ułożone w innej kolejności.

Zmiana kolejności może wpływać między innymi na:

• rozmieszczenie ładunku;
• rozmieszczenie regionów hydrofobowych;
• lokalną elastyczność;
• możliwe układy wiązań wodorowych;
• tendencję do tworzenia określonych struktur drugorzędowych;
• rozpoznawanie przez inne cząsteczki;
• aktywność biologiczną.

Pełna sekwencja zawiera więc znacznie więcej informacji niż zwykła lista aminokwasów obecnych w cząsteczce.

Zmiany sekwencji mogą również wpływać na relację pomiędzy wiązaniem cząsteczki a odpowiedzią biologiczną.

W badaniu roślinnego peptydu sygnałowego systeminy wykazano, że różne regiony sekwencji w odmienny sposób uczestniczyły w wiązaniu receptora i jego aktywacji. Pełna cząsteczka i jej krótsze fragmenty nie były funkcjonalnie równoważne. [8]

Struktura drugorzędowa, trzeciorzędowa i czwartorzędowa

Struktura drugorzędowa opisuje powtarzające się lokalne ułożenia szkieletu, takie jak alfa-helisy i beta-kartki.

Ich powstawaniu sprzyjają między innymi uporządkowane układy wiązań wodorowych w szkielecie.

Nie powstają one jednak poprzez zastąpienie wiązań peptydowych odpowiedzialnych za strukturę pierwszorzędową.

Struktura trzeciorzędowa opisuje szerszą, trójwymiarową organizację pojedynczego łańcucha polipeptydowego.

Struktura czwartorzędowa odnosi się do sposobu organizacji kilku łańcuchów polipeptydowych w większym kompleksie molekularnym.

Białko zbudowane z jednego łańcucha nie musi więc posiadać struktury czwartorzędowej.

Podobnie krótki peptyd nie musi wykazywać wszystkich poziomów organizacji strukturalnej, aby posiadać określone właściwości biologiczne.

Do organizacji struktury molekularnej mogą przyczyniać się między innymi:

• wiązania wodorowe;
• oddziaływania elektrostatyczne;
• oddziaływania van der Waalsa;
• efekt hydrofobowy;
• oddziaływania aromatyczne;
• koordynacja jonów metali w niektórych cząsteczkach;
• kowalencyjne połączenia poprzeczne, takie jak mostki disiarczkowe.

Mostki disiarczkowe, jeśli występują, łączą atomy siarki pochodzące z reszt cysteiny.

Są chemicznie inne niż wiązania peptydowe tworzące szkielet łańcucha.

Badania syntetycznego bydlęcego trzustkowego inhibitora trypsyny (BPTI) dobrze pokazują różnicę pomiędzy zbudowaniem łańcucha a uzyskaniem jego prawidłowo pofałdowanej i aktywnej formy.

Badacze chemicznie zsyntetyzowali liniową sekwencję, a następnie przeprowadzili proces utleniania i fałdowania, uzyskując materiał odpowiadający naturalnemu białku w opisanych analizach strukturalnych i funkcjonalnych. [9]

Czy peptydy mogą mieć stabilną strukturę trójwymiarową?

Sì.

Krótki łańcuch nie musi automatycznie oznaczać cząsteczki pozbawionej uporządkowanej struktury.

CLN025 tworzył strukturę beta-hairpin w badanych środowiskach, natomiast cykliczna kalata B1 wykazywała uporządkowaną architekturę pomimo obecności zaledwie 29 reszt. [1] [2]

Są to jednak obserwacje dotyczące konkretnych cząsteczek.

Nie oznaczają, że każdy krótki peptyd tworzy równie stabilną strukturę.

To, czy konkretny peptyd przyjmuje uporządkowaną konformację, zależy między innymi od:

• sekwencji;
• oddziaływań pomiędzy resztami;
• ograniczeń wynikających z cykliczności;
• mostków disiarczkowych;
• del solvente;
• temperature;
• concentrazioni;
• obecności partnerów wiążących;
• modyfikacji chemicznych.

Szczególnie istotne może być środowisko.

W badaniu syntetycznego neuropeptydu Y, zawierającego 36 reszt, analizowano konformację w mieszaninie rozpuszczalników zawierającej głównie trifluoroetanol. Zaobserwowano region helikalny w pobliżu C-końca, podczas gdy część N-końcowa nie wykazywała porównywalnie regularnej struktury. [10]

Obserwacji dokonanej w takim środowisku nie należy przedstawiać jako dowodu, że peptyd przyjmuje dokładnie tę samą strukturę we wszystkich warunkach biologicznych.

Dlatego podczas interpretacji badań strukturalnych należy zwracać uwagę na warunki eksperymentalne.

Dichiarazione:

„Peptyd tworzył helisę w badanych warunkach”

jest naukowo bardziej precyzyjne niż:

„Peptyd zawsze ma strukturę helikalną”.

Czy wszystkie białka mają jedną stałą strukturę?

No.

Wiele białek zawiera stabilnie pofałdowane domeny, ale inne posiadają rozległe regiony wewnętrznie nieuporządkowane, a niektóre mogą być w dużym stopniu nieuporządkowane.

Takie cząsteczki występują jako dynamiczne zespoły różnych konformacji, zamiast pozostawać przez cały czas w jednej sztywnej strukturze trójwymiarowej.

Badania KISS1 stanowią bezpośredni przykład takiej sytuacji.

Wyniki uzyskane za pomocą kilku metod eksperymentalnych potwierdzały jego wewnętrznie nieuporządkowany charakter. [3]

Pokazuje to ograniczenie uproszczonego modelu edukacyjnego, w którym każde białko przedstawiane jest jako zwarta i nieruchoma cząsteczka.

Nie oznacza to jednak, że białko wewnętrznie nieuporządkowane nie może wykazywać organizacji, swoistości oddziaływań czy znaczenia biologicznego.

Wewnętrzne nieuporządkowanie należy również odróżnić od denaturacji.

Może ono stanowić naturalną właściwość danej sekwencji w określonych warunkach.

Denaturacja oznacza natomiast zaburzenie istniejącej organizacji strukturalnej cząsteczki.

Żadne z tych zjawisk samo w sobie nie oznacza hydrolizy wiązań peptydowych ani rozpadu cząsteczki do wolnych aminokwasów.

Funkcja zależy od konkretnej cząsteczki

Aminokwasy, peptydy i białka uczestniczą w wielu nakładających się procesach biologicznych, ale przynależność do jednej z tych kategorii nie oznacza wspólnego działania.

Peptyd sygnałowy, wewnątrzkomórkowy tripeptyd, enzym i białko strukturalne mogą być zbudowane z reszt aminokwasowych, a jednocześnie pełnić zupełnie odmienne funkcje.

Przykładowo w badaniu fizjologicznym z udziałem ludzi analizowano GLP-1(7–36) jako inkretynę i mierzono odpowiedzi podczas infuzji u siedmiu ochotników. [11]

Badanie dotyczyło określonej cząsteczki sygnałowej i konkretnego protokołu eksperymentalnego.

Nie pozwala ono wnioskować, że inne peptydy wywołują takie same efekty dotyczące wydzielania insuliny.

Innym przykładem jest glutatione.

Jest to tripeptyd uczestniczący w biologii komórkowych procesów redoks. W jednym z badań wykorzystano znakowaną izotopowo wodę do oszacowania syntezy glutationu u królików, pokazując, że nawet bardzo mały peptyd może być badany jako regulowana metabolicznie cząsteczka. [12]

Było to badanie dotyczące biosyntezy, a nie badanie suplementacji u ludzi.

Z naukowego punktu widzenia właściwe pytanie brzmi więc:

Co robi ta konkretna cząsteczka lub sekwencja, w jakich warunkach i na podstawie jakich dowodów?

Określenia „peptyd” i „białko” pomagają opisać tożsamość molekularną.

Nie określają uniwersalnej funkcji biologicznej.

Rozerwanie łańcucha może zmienić jego tożsamość i aktywność

Hydroliza prowadzi do rozszczepienia wiązań peptydowych.

Pojedyncze rozszczepienie może prowadzić do powstania krótszych łańcuchów peptydowych, natomiast odpowiednio rozległa hydroliza może ostatecznie uwolnić pojedyncze aminokwasy.

Jedno przecięcie długiego łańcucha zazwyczaj nie powoduje natychmiastowego uwolnienia wszystkich jego reszt.

Biologiczne przetwarzanie cząsteczek może wykorzystywać selektywne rozszczepianie między innymi do:

• aktywowania prekursorów;
• usuwania sekwencji sygnałowych;
• oddzielania regionów funkcjonalnych;
• tworzenia dojrzałych peptydów;
• kończenia aktywności;
• powstawania cząsteczek o odmiennych funkcjach biologicznych.

Badanie systeminy pokazuje, dlaczego nie należy zakładać, że fragment automatycznie zachowuje aktywność cząsteczki macierzystej.

Region N-końcowy uczestniczył w wiązaniu receptora, natomiast region C-końcowy był potrzebny do jego aktywacji. Badane fragmenty nie zachowywały się po prostu jak krótsze wersje pełnej cząsteczki sygnałowej. [8]

Trawienie jest kolejnym procesem, w którym zmienia się tożsamość molekularna.

W badaniu z udziałem ludzi wykryto we krwi określone peptydy pochodzące z kolagenu po spożyciu hydrolizatów żelatyny. [13]

Potwierdza to obecność konkretnych fragmentów w warunkach tego badania.

Tuttavia, non significa che:

• każdy peptyd pochodzący z żywności jest wchłaniany w niezmienionej formie;
• każdy fragment peptydowy przeżywa proces trawienia;
• wszystkie hydrolizaty białkowe zachowują się identycznie;
• samo wykrycie fragmentu peptydowego potwierdza określoną korzyść zdrowotną.

Dlaczego granica między peptydem a białkiem nie jest jednoznaczna?

Różne terminy odpowiadają na różne pytania

Określenia peptyd, polipeptyd i białko częściowo się pokrywają, ponieważ często podkreślają inne właściwości cząsteczki.

Peptide najczęściej sugeruje stosunkowo krótki łańcuch.

Polipeptide podkreśla chemiczną naturę łańcucha aminokwasowego.

Białko zwykle odnosi się do określonej biologicznej cząsteczki, kompleksu molekularnego albo jednostki o ustalonym kontekście strukturalnym i funkcjonalnym.

Ponieważ pojęcia te odpowiadają na nieco inne pytania opisowe, ich znaczenia mogą się częściowo nakładać.

Nie oznacza to jednak, że wszystkie różnice znikają.

Wolny aminokwas pozostaje chemicznie inną cząsteczką niż połączony łańcuch.

Dipeptyd złożony z dwóch reszt jest znacznie mniejszy i strukturalnie prostszy od dużego kompleksu białkowego złożonego z wielu łańcuchów.

Niepewność pojawia się przede wszystkim wtedy, gdy próbuje się ustanowić jedną uniwersalną granicę liczbową oddzielającą wszystkie peptydy od wszystkich białek.

Przykłady naukowe pokazujące ograniczenia prostych reguł

Przykłady te pochodzą z badań strukturalnych, syntetycznych i biochemicznych, a nie z publikacji ustanawiającej jeden oficjalny próg klasyfikacyjny.

Ich znaczenie polega przede wszystkim na pokazaniu ograniczeń zbyt uproszczonych definicji. [1] [2] [3] [7] [9]

Naturalne czy syntetyczne pochodzenie nie rozstrzyga klasyfikacji

Peptyd nie jest definiowany przez to, że został wytworzony w laboratorium.

Podobnie białko nie jest definiowane przez to, że zostało wyizolowane z żywego organizmu.

Komórki naturalnie syntetyzują peptydy i białka, natomiast naukowcy mogą otrzymywać wiele łańcuchów aminokwasowych poprzez:

• sintesi chimica;
• ekspresję rekombinowaną;
• syntezę bezkomórkową;
• inne kontrolowane systemy produkcji.

Badanie porównujące ekspresję bakteryjną z syntezą na fazie stałej dla sekwencji zawierających 20–40 reszt pokazało, że wybór metody produkcji zależy między innymi od konkretnej sekwencji i wymagań badawczych. [5]

Cząsteczka nie przechodzi do innej kategorii chemicznej tylko dlatego, że zmieniono sposób jej produkcji.

Podobnie badania syntetycznego BPTI pokazują, że synteza chemiczna może prowadzić do otrzymania cząsteczki klasyfikowanej jako białko. [9]

Samo określenie syntetyczny nie potwierdza pełnej równoważności molekularnej, ale syntetyczne pochodzenie również nie wyklucza klasyfikacji jako białko.

Jak dokładnie opisywać cząsteczkę?

Przydatny opis naukowy powinien podawać nazwę cząsteczki, a w odpowiednich przypadkach również:

• sekwencję aminokwasową;
• liczbę reszt;
• masę cząsteczkową;
• informację, czy struktura jest liniowa czy cykliczna;
• liczbę łańcuchów;
• istotne kowalencyjne połączenia poprzeczne;
• modyfikacje chemiczne lub potranslacyjne;
• właściwości strukturalne potwierdzone eksperymentalnie;
• potwierdzoną funkcję biologiczną.

Przykładowo określenie:

„dziesięcioresztowy peptyd badany jako minibiałko o strukturze beta-hairpin”

przekazuje znacznie więcej informacji niż spór o to, czy cząsteczka musi należeć wyłącznie do kategorii peptydów albo białek.

Podobnie określenie:

„białko wewnętrznie nieuporządkowane”

jest naukowo poprawnym opisem, a nie sprzecznością. [1] [3]

Rozróżnienie to ma szczególne znaczenie podczas interpretowania twierdzeń dotyczących działania biologicznego.

Dowodów dotyczących jednego peptydu nie można automatycznie przenosić na inny tylko dlatego, że obie cząsteczki są krótkimi łańcuchami reszt aminokwasowych.

Klasyfikacja mówi nam, z jakiego rodzaju cząsteczką mamy do czynienia. Do ustalenia, co konkretnie robi dana cząsteczka, potrzebne są natomiast badania dotyczące właśnie tej sekwencji i tej formy molekularnej.

Domande frequenti

1. Czy wszystkie peptydy są białkami?

Nie. Peptydy i białka mają wspólną podstawę chemiczną w postaci łańcuchów aminokwasowych, ale nie każdy peptyd jest klasyfikowany jako białko. Krótkie łańcuchy zazwyczaj określa się jako peptydy, natomiast termin „białko” uwzględnia również kontekst biologiczny, strukturalny i historyczny. CLN025 pokazuje, dlaczego ścisła granica jest trudna do ustalenia: badacze opisali tę dziesięcioresztową sekwencję jako minibiałko o uporządkowanej strukturze beta-hairpin. Nie oznacza to jednak, że każdy krótki peptyd jest białkiem. Pokazuje jedynie, że pojęcia częściowo się pokrywają i żadna pojedyncza liczba reszt nie rozwiązuje wszystkich przypadków klasyfikacyjnych. [1]

2. Czy peptydy są tym samym co aminokwasy?

Nie. Aminokwasy są pojedynczymi jednostkami molekularnymi, natomiast peptydy zawierają reszty aminokwasowe połączone wiązaniami peptydowymi. Połączenie aminokwasów prowadzi do powstania cząsteczki mającej własną sekwencję, końce łańcucha, połączenia kowalencyjne i właściwości chemiczne. Nie jest to więc jedynie mieszanina pierwotnych aminokwasów. Badania systeminy pokazują znaczenie określonej sekwencji: różne części połączonego peptydu odmiennie uczestniczyły w wiązaniu i aktywacji receptora. Wyniki dotyczą konkretnego układu roślinnego, ale dobrze ilustrują ogólną zasadę, że tożsamość peptydu zależy od jego połączonej struktury molekularnej. [8]

3. Jaki polimer powstaje z aminokwasów?

Łańcuch powstały poprzez połączenie reszt aminokwasowych wiązaniami peptydowymi określa się jako polipeptide. Jeden lub więcej łańcuchów polipeptydowych może tworzyć białko, choć samo określenie polipeptyd nie wskazuje konkretnej struktury przestrzennej ani funkcji biologicznej. W literaturze termin ten stosowano również wobec stosunkowo krótkich sekwencji zawierających 20–40 reszt. Najbardziej precyzyjna ogólna odpowiedź brzmi więc „polipeptyd”, natomiast termin „białko” stosuje się, gdy odpowiada on szerszej tożsamości biologicznej danej cząsteczki lub kompleksu. [5]

4. Czym różni się aminokwas od reszty aminokwasowej?

Aminokwas jest pojedynczą cząsteczką stanowiącą jednostkę budulcową, natomiast reszta aminokwasowa to odpowiadająca jej jednostka po włączeniu do łańcucha peptydowego lub białkowego. Różnica wynika z udziału tej jednostki w połączeniach szkieletu oraz jej określonej pozycji w sekwencji. W badaniach strukturalnych peptydów często mówi się o pozycjach poszczególnych reszt, ponieważ wpływają one na lokalną geometrię i oddziaływania molekularne. W języku potocznym określenie „aminokwasy w białku” jest zrozumiałe, ale termin „reszta aminokwasowa” jest dokładniejszy chemicznie w odniesieniu do gotowego łańcucha. [4]

5. Czy polipeptyd zawsze jest białkiem?

Nie. Polipeptyd opisuje przede wszystkim łańcuch aminokwasowy i nie musi automatycznie oznaczać, że cząsteczka jest klasyfikowana jako białko. Termin ten pojawia się w badaniach stosunkowo krótkich cząsteczek, takich jak 29-resztowa kalata B1, a także w pracach dotyczących sekwencji zawierających 20–40 reszt. Sposób użycia pojęcia zależy od dziedziny, dlatego samo słowo „polipeptyd” nie określa stałej długości, potwierdzonego pofałdowania ani funkcji biologicznej. Najlepiej traktować je jako opis chemicznej natury łańcucha, a pozostałe cechy określać na podstawie badań konkretnej cząsteczki. [2] [5]

6. Ile aminokwasów musi zawierać białko?

Nie istnieje jedna minimalna liczba reszt, która sprawdzałaby się we wszystkich przypadkach. Konwencje oparte na długości są przydatne w edukacji i klasyfikacji, ale istnieją uznane wyjątki. CLN025 zawiera na przykład dziesięć reszt, a mimo to badano go jako uporządkowane minibiałko o strukturze beta-hairpin. Nie oznacza to, że praktyczne rozróżnienie pomiędzy krótkimi peptydami a większymi białkami jest bezwartościowe. Pokazuje jedynie, że najlepiej podawać rzeczywistą liczbę reszt zamiast przedstawiać jeden próg jako uniwersalną zasadę nazewnictwa. [1]

7. Czy granica 50 aminokwasów jest ścisłą zasadą naukową?

Nie. Granica około 50 reszt jest praktyczną konwencją stosowaną w niektórych kontekstach, a nie uniwersalnym prawem chemicznym. Chemia wiązań peptydowych nie zmienia się nagle w chwili przejścia od 50 do 51 reszt. Badania opisujące krótkie łańcuchy jako minibiałka lub polipeptydy pokazują, że terminologia może zależeć również od struktury, kontekstu biologicznego i tradycji badawczej. Różne dziedziny mogą stosować odmienne definicje operacyjne, dlatego próg liczbowy powinien być przedstawiany jako konwencja, a nie bezwzględna zasada. [1] [5]

8. Czy krótki peptyd może tworzyć stabilną strukturę?

Tak. Niektóre krótkie peptydy mogą przyjmować uporządkowane struktury w odpowiednich warunkach. CLN025 badano jako dziesięcioresztową strukturę beta-hairpin, natomiast cykliczna kalata B1 wykazywała uporządkowaną architekturę pomimo obecności tylko 29 reszt. Wyniki te pokazują możliwości konkretnych sekwencji, a nie wszystkich krótkich peptydów. Fałdowanie zależy między innymi od sekwencji, ograniczeń molekularnych, rozpuszczalnika, temperatury, stężenia i modyfikacji. Stabilność strukturalną należy więc oceniać w odniesieniu do konkretnej cząsteczki i środowiska eksperymentalnego. [1] [2]

9. Czy wszystkie białka mają stały trójwymiarowy kształt?

Nie. Niektóre białka lub ich regiony są wewnętrznie nieuporządkowane i występują jako dynamiczne zespoły różnych konformacji zamiast jednej trwałej, zwartej struktury. Badania KISS1 potwierdziły właśnie taki stan. Nie oznacza to, że wszystkie białka są nieuporządkowane ani że nieuporządkowanie jest równoznaczne z uszkodzeniem. Struktura białek obejmuje spektrum od stabilnych domen pofałdowanych po elastyczne regiony i dynamiczne zespoły konformacyjne. Właściwy opis zależy od konkretnej cząsteczki i warunków eksperymentalnych. [3]

10. Czy dwa peptydy o tej samej długości mogą działać inaczej?

Tak. Taka sama liczba reszt nie oznacza takiej samej sekwencji, struktury, chemii ani aktywności biologicznej. Rodzaj łańcuchów bocznych i kolejność aminokwasów wpływają na oddziaływania molekularne. Badania systeminy wykazały, że różne fragmenty sekwencji odmiennie uczestniczyły w wiązaniu i aktywacji receptora. Nie jest to porównanie wszystkich możliwych peptydów o tej samej długości, ale pokazuje, dlaczego sama liczba reszt nie pozwala przewidywać funkcji. Porównując dwa peptydy, należy analizować ich sekwencję, strukturę oraz bezpośrednie dane eksperymentalne. [8]

11. Czy cięższa cząsteczka zawsze zawiera więcej aminokwasów?

Nie. Masa cząsteczkowa zależy od liczby i rodzaju reszt aminokwasowych oraz od obecności dodatkowych grup chemicznych. Dwa peptydy zawierające tę samą liczbę reszt mogą mieć różną masę, ponieważ poszczególne aminokwasy różnią się masą. Modyfikacje chemiczne mogą dodatkowo zwiększać masę bez zwiększania liczby reszt w szkielecie. Liczba reszt i masa cząsteczkowa opisują więc różne właściwości i żadna z nich sama nie wyznacza uniwersalnej granicy pomiędzy peptydem a białkiem.

12. Czy każde białko składa się tylko z jednego łańcucha?

Nie. Białka mogą zawierać jeden lub kilka powiązanych ze sobą łańcuchów polipeptydowych. Długość pojedynczego łańcucha i skład kompletnego białka są więc odrębnymi informacjami. Dobrym przykładem biologicznego przetwarzania jest insulina: jej dojrzała postać zawiera dwa łańcuchy połączone mostkami disiarczkowymi, powstające w wyniku przetwarzania proinsuliny i usunięcia peptydu C. Badania produktów konwersji rozróżniają te formy zamiast traktować prekursor i dojrzały hormon jako identyczne cząsteczki. Podając liczbę reszt, należy więc określić, czy dotyczy ona jednego łańcucha, wszystkich łańcuchów, prekursora czy dojrzałej postaci. [6] [7]

13. Czy peptydy i białka pełnią takie same funkcje?

Mogą uczestniczyć w podobnych obszarach biologii, ale poszczególne cząsteczki pełnią różne funkcje. W badaniach GLP-1 analizowano określony peptyd pod kątem aktywności inkretynowej u ludzi, natomiast badania glutationu dotyczyły syntezy tripeptydu uczestniczącego w biologii komórkowych procesów redoks. Nie oznacza to, że wszystkie peptydy wykazują którekolwiek z tych działań, podobnie jak wszystkie białka nie mają jednej wspólnej funkcji. Naukowo uzasadnione porównanie powinno dotyczyć konkretnych cząsteczek, ich sekwencji i eksperymentalnie potwierdzonych właściwości. [11] [12]

14. Czy fragment peptydu zachowuje funkcję cząsteczki macierzystej?

Niekoniecznie. Rozszczepienie może usunąć region odpowiedzialny za wiązanie, region potrzebny do aktywacji, odsłonić nowy fragment lub doprowadzić do powstania produktu o zupełnie innej funkcji biologicznej. W badaniu systeminy fragmenty nie odtwarzały po prostu pełnego połączenia właściwości związanych z wiązaniem i aktywacją receptora obserwowanych dla całej cząsteczki. Wynik zależy od konkretnej sekwencji i nie można go automatycznie przenosić na wszystkie produkty rozszczepienia. Fragment należy traktować jako odrębną formę molekularną wymagającą własnych danych dotyczących struktury i aktywności. [8]

15. Czy denaturacja zmienia białko w aminokwasy?

Nie. Denaturacja zaburza wyższe poziomy organizacji strukturalnej białka, ale z definicji nie wymaga rozerwania jego szkieletu peptydowego. Powstanie krótszych peptydów lub wolnych aminokwasów wymaga hydrolizy wiązań peptydowych, czyli innego procesu chemicznego. Samo nieuporządkowanie strukturalne również nie musi oznaczać degradacji, czego przykładem jest nienaruszone, wewnętrznie nieuporządkowane białko KISS1. W bardzo agresywnych warunkach denaturacja i degradacja chemiczna mogą zachodzić jednocześnie, ale nadal są to odrębne procesy: utrata pofałdowania nie jest tym samym co rozerwanie kowalencyjnego łańcucha. [3]

16. Czy syntetyczna cząsteczka nadal może być białkiem?

Tak. Synteza chemiczna nie wyklucza klasyfikacji cząsteczki jako białka. Badacze chemicznie zsyntetyzowali bydlęcy trzustkowy inhibitor trypsyny, a po odpowiednim utlenieniu i fałdowaniu uzyskali materiał odpowiadający naturalnemu białku w opisanych porównaniach analitycznych i funkcjonalnych, w tym pod względem aktywności hamującej. Wynik zależał od prawidłowego zbudowania sekwencji, fałdowania i charakterystyki i nie oznacza, że każdy syntetyczny polipeptyd automatycznie przyjmuje właściwą strukturę. O klasyfikacji decyduje tożsamość molekularna i kontekst, natomiast sposób produkcji jest odrębną cechą. [9]

17. Czy białka spożywcze, hydrolizaty białkowe i wolne aminokwasy są tym samym?

Nie. Białka spożywcze są większymi połączonymi cząsteczkami, hydrolizaty białkowe zawierają mieszaniny produktów rozszczepienia, natomiast wolne aminokwasy są pojedynczymi jednostkami molekularnymi. Ich skład i formy molekularne są więc różne. W badaniu z udziałem ludzi wykryto we krwi określone peptydy pochodzące z kolagenu po spożyciu hydrolizatów żelatyny, pokazując, że w procesie trawienia i wchłaniania mogą występować możliwe do zidentyfikowania fragmenty peptydowe. Badanie nie potwierdziło jednak uniwersalnego wchłaniania wszystkich peptydów w niezmienionej formie ani równoważnego działania wszystkich produktów białkowych. [13]

18. Czym różni się peptyd od polipeptydu?

Oba terminy opisują łańcuchy reszt aminokwasowych połączonych wiązaniami peptydowymi. Określenie „peptyd” jest często stosowane wobec stosunkowo krótkich łańcuchów, natomiast „polipeptyd” podkreśla rozbudowany łańcuch aminokwasowy i bywa używane wobec dłuższych sekwencji. Nie istnieje jednak uniwersalny punkt liczbowy, po którego przekroczeniu jeden termin musi zostać zastąpiony drugim. Badania opisujące 29-resztową kalatę B1 jako polipeptyd oraz prace dotyczące 20–40-resztowych polipeptydów pokazują nakładanie się tej terminologii. Rzeczywista liczba reszt i architektura molekularna są więc bardziej informacyjne niż założenie sztywnej granicy. [2] [5]

19. Czy te same aminokwasy mogą tworzyć różne peptydy?

Tak. Ten sam zestaw rodzajów aminokwasów może prowadzić do powstania różnych peptydów, jeśli zmieni się ich kolejność. Przykładowo glicyloalanina i alanyloglicyna zawierają glicynę oraz alaninę, ale odwrócenie ich kolejności prowadzi do powstania innej sekwencji molekularnej. W dłuższych peptydach zmiana sekwencji może wpływać na rozmieszczenie ładunku, regionów hydrofobowych, powierzchni wiążących i tendencji strukturalnych. Dlatego tożsamość peptydu zależy nie tylko od tego, jakie aminokwasy zawiera, ale również od ich kolejności i sposobu połączenia.

20. Dlaczego sekwencja jest ważniejsza niż samo określenie „peptyd”?

Termin „peptyd” opisuje szeroką kategorię chemiczną, a nie jeden rodzaj aktywności biologicznej. Dwa peptydy mogą całkowicie różnić się sekwencją, długością, strukturą, lokalizacją, sposobem przetwarzania i celami molekularnymi. Badania systeminy pokazują eksperymentalnie, że nawet różne regiony jednej cząsteczki mogą odgrywać odmienne role w wiązaniu i aktywacji receptora. [8] Z tego powodu wyników dotyczących jednego peptydu nie można przenosić na inny tylko dlatego, że obie cząsteczki należą do tej samej kategorii. Do ustalenia funkcji biologicznej potrzebne są dane dotyczące konkretnej sekwencji i konkretnej cząsteczki.

Ograniczenia klasyfikacji peptydów i białek

Podczas stosowania określeń aminokwas, peptyd, polipeptyd i białko należy pamiętać o kilku ograniczeniach.

Po pierwsze, nie istnieje uniwersalna liczbowa granica między peptydem a białkiem. Próg taki jak 50 reszt może być przydatną konwencją, ale literatura naukowa zawiera wyraźne wyjątki. [1] [2] [5]

Po drugie, struktura również nie tworzy prostej granicy. Niektóre krótkie peptydy przyjmują uporządkowane struktury, podczas gdy niektóre uznane białka pozostają w znacznym stopniu wewnętrznie nieuporządkowane. [1] [2] [3]

Po trzecie, masa cząsteczkowa i liczba reszt są powiązanymi, ale odrębnymi parametrami. Modyfikacje, różne rodzaje reszt oraz obecność kilku łańcuchów mogą zmieniać masę bez prostego przełożenia na długość pojedynczego łańcucha.

Po czwarte, należy rozróżniać formy prekursorowe i dojrzałe. Biologiczne przetwarzanie może zmieniać długość łańcucha, sposób połączeń i tożsamość molekularną, czego przykładem jest przetwarzanie proinsuliny. [6] [7]

Po piąte, metoda produkcji nie określa klasyfikacji. Cząsteczki wytwarzane naturalnie i syntetyzowane chemicznie mogą mieć tę samą podstawową tożsamość molekularną, jeśli potwierdzono ich sekwencję, strukturę i inne istotne właściwości. [5] [9]

Po szóste, przynależność do kategorii nie pozwala przewidzieć działania biologicznego. Peptydy nie mają jednego wspólnego efektu fizjologicznego tylko dlatego, że są peptydami, podobnie jak wszystkie białka nie pełnią jednej funkcji. [8] [11] [12]

Wreszcie obserwacje strukturalne należy interpretować w warunkach, w których zostały uzyskane. Peptyd przyjmujący określoną konformację w jednym rozpuszczalniku lub środowisku eksperymentalnym może zachowywać się inaczej w innych warunkach. [10]

Ograniczenia te nie oznaczają, że terminologia jest bezużyteczna. Pokazują natomiast, dlaczego najlepiej stosować ją razem z dokładniejszym opisem właściwości molekularnych.

Sintesi

Aminokwasy, peptydy, polipeptydy i białka należą do tej samej szerokiej hierarchii chemicznej, ale opisują różne poziomy organizacji molekularnej.

Amminoacidi są pojedynczymi jednostkami budulcowymi.

Gdy reszty aminokwasowe zostają kowalencyjnie połączone wiązaniami peptydowymi, powstają peptydy i łańcuchy polipeptydowe.

Proteine składają się z jednego lub kilku takich łańcuchów rozpatrywanych w szerszym kontekście strukturalnym i biologicznym.

Przejście od aminokwasu do peptydu jest chemicznie wyraźne, ponieważ utworzenie wiązania peptydowego prowadzi do powstania nowej, połączonej cząsteczki.

Granica pomiędzy peptydem a białkiem jest znacznie mniej jednoznaczna.

Długość łańcucha dostarcza użytecznych informacji opisowych, ale nie istnieje jeden uniwersalny próg liczby reszt, który prawidłowo klasyfikowałby każdą cząsteczkę. Badania dziesięcioresztowego minibiałka CLN025, 29-resztowej cyklicznej kalaty B1 oraz wewnętrznie nieuporządkowanego białka KISS1 pokazują, dlaczego proste reguły wymagają dodatkowego kontekstu. [1] [2] [3]

Struktura również nie wyznacza uniwersalnej granicy. Krótkie peptydy mogą przyjmować uporządkowane konformacje, natomiast niektóre białka mogą zawierać znaczny stopień nieuporządkowania.

Podobnie masa cząsteczkowa, naturalne lub syntetyczne pochodzenie oraz funkcja biologiczna nie wystarczają samodzielnie do określenia, czy każdy łańcuch aminokwasowy należy nazwać peptydem czy białkiem.

Dlatego w komunikacji naukowej najbardziej informacyjne jest dokładne opisanie konkretnej cząsteczki:

jej sekwencji, liczby reszt, architektury, modyfikacji, eksperymentalnie obserwowanej struktury, stanu przetworzenia oraz potwierdzonych właściwości biologicznych.

Najważniejszą różnicę można podsumować następująco:

aminokwasy są jednostkami budulcowymi; wiązania peptydowe łączą te jednostki w peptydy i łańcuchy polipeptydowe; białka są natomiast biologicznymi cząsteczkami zbudowanymi z jednego lub kilku takich łańcuchów. Granica między peptydem a białkiem wynika jednak z konwencji naukowej i kontekstu molekularnego, a nie z jednej uniwersalnej liczby aminokwasów.

Disclaimer

Artykuł ma wyłącznie charakter edukacyjny i naukowo-informacyjny. Wyjaśnia terminologię, budowę molekularną, klasyfikację peptydów i białek, biologiczne przetwarzanie cząsteczek oraz przykłady pochodzące z opublikowanych badań. Nie stanowi porady medycznej, żywieniowej, wskazówki dotyczącej leczenia, rekomendacji produktu ani porady dotyczącej stosowania peptydów, białek, produktów aminokwasowych, suplementów lub powiązanych substancji. Wyniki badań strukturalnych, biochemicznych, badań na zwierzętach i badań z udziałem ludzi należy interpretować w kontekście metod, warunków i ograniczeń poszczególnych prac.

Riferimenti

1. Hatfield, M. P. D., Murphy, R. F., & Lovas, S. (2010). VCD spectroscopic properties of the beta-hairpin forming miniprotein CLN025 in various solvents. Biopolymers, 93(5), 442–450. https://doi.org/10.1002/bip.21356
2. Saether, O., Craik, D. J., Campbell, I. D., Sletten, K., Juul, J., & Norman, D. G. (1995). Elucidation of the primary and three-dimensional structure of the uterotonic polypeptide kalata B1. Biochemistry, 34(13), 4147–4158. https://doi.org/10.1021/bi00013a002
3. Ibanez de Opakua, A., Merino, N., Villate, M., Cordeiro, T. N., Ormaza, G., Sanchez-Carbayo, M., Diercks, T., Bernado, P., & Blanco, F. J. (2017). The metastasis suppressor KISS1 is an intrinsically disordered protein slightly more extended than a random coil. PLOS ONE, 12(2), Article e0172507. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0172507
4. Improta, R., Vitagliano, L., & Esposito, L. (2011). Peptide bond distortions from planarity: New insights from quantum mechanical calculations and peptide/protein crystal structures. PLOS ONE, 6(9), Article e24533. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024533
5. Straner, P., Taricska, N., Szabo, M., Toth, G. K., & Perczel, A. (2016). Bacterial expression and/or solid phase peptide synthesis of 20-40 amino acid long polypeptides and miniproteins, the case study of Class B GPCR ligands. Current Protein & Peptide Science, 17(2), 147–155. https://doi.org/10.2174/1389203716666151102105215
6. Linde, S., Welinder, B. S., & Nielsen, J. H. (1993). Analysis of proinsulin and its conversion products by reversed-phase high-performance liquid chromatography. Journal of Chromatography, 614(2), 185–204. https://doi.org/10.1016/0378-4347(93)80309-r
7. Davidson, H. W., & Hutton, J. C. (1987). The insulin-secretory-granule carboxypeptidase H. Purification and demonstration of involvement in proinsulin processing. Biochemical Journal, 245(2), 575–582. https://doi.org/10.1042/bj2450575
8. Meindl, T., Boller, T., & Felix, G. (1998). The plant wound hormone systemin binds with the N-terminal part to its receptor but needs the C-terminal part to activate it. The Plant Cell, 10(9), 1561–1570. https://doi.org/10.1105/tpc.10.9.1561
9. Ferrer, M., Woodward, C., & Barany, G. (1992). Solid-phase synthesis of bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) and two analogues. A chemical approach for evaluating the role of disulfide bridges in protein folding and stability. International Journal of Peptide and Protein Research, 40(3–4), 194–207. PubMed record
10. Mierke, D. F., Durr, H., Kessler, H., & Jung, G. (1992). Neuropeptide Y. Optimized solid-phase synthesis and conformational analysis in trifluoroethanol. European Journal of Biochemistry, 206(1), 39–48. https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1992.tb16899.x
11. Kreymann, B., Williams, G., Ghatei, M. A., & Bloom, S. R. (1987). Glucagon-like peptide-1 7-36: A physiological incretin in man. The Lancet, 2(8571), 1300–1304. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(87)91194-9
12. Cabral, C. B., Bullock, K. H., Bischoff, D. J., Tompkins, R. G., Yu, Y. M., & Kelleher, J. K. (2008). Estimating glutathione synthesis with deuterated water: A model for peptide biosynthesis. Analytical Biochemistry, 379(1), 40–44. https://doi.org/10.1016/j.ab.2008.04.042
13. Iwai, K., Hasegawa, T., Taguchi, Y., Morimatsu, F., Sato, K., Nakamura, Y., Higashi, A., Kido, Y., Nakabo, Y., & Ohtsuki, K. (2005). Identification of food-derived collagen peptides in human blood after oral ingestion of gelatin hydrolysates. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 53(16), 6531–6536. https://doi.org/10.1021/jf050206p